驾驶摩托车协议车被交警查处时，具体后果会依据车辆的实际状况和相关法律法规来判定。以下是对可能情况的详细分析：

一、手续合法合规的情况

如果您的协议车是通过合法交易获得，且相关手续（如行驶证、年检标志、保险标志等）均齐全，并已按规定完成登记、年检和购买了保险，那么在被交警检查时，通常不会有问题。您只需配合检查，出示有效证件，车辆符合上路标准即可正常通行。

二、手续存在问题的情况

1. 车辆未过户：

   • 即便您已签订转让协议，但未办理车辆过户手续，这本身虽不直接违法，却可能给交警核实车辆信息带来困扰。
   • 若车辆存在违法未处理记录，由于登记车主和实际驾驶人不一致，处理起来会更为复杂。不过，只要您能证明车辆的合法交易和实际归属，交警一般会要求您尽快办理过户手续。

2. 车辆手续不全：

   • 若车辆缺少必要的行驶证、年检标志、保险标志等，交警将依据相关法律法规进行处罚，可能包括扣留车辆、罚款、扣分等。
   • 具体处罚标准因地区和具体违法行为而异，例如未放置检验合格标志，根据《道路交通安全法》规定，可能面临警告或二十元以上二百元以下的罚款。

3. 车辆来源不合法：

   • 如果您的协议车是被盗抢车辆、走私车辆或通过其他非法途径获得的，交警一旦发现，会立即扣留车辆并展开调查。
   • 涉及此类违法车辆的当事人可能会面临刑事处罚，如构成掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪，可能处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

4. 车辆处于抵押状态且违反相关规定：

   • 抵押车在抵押期间，虽然车主可以使用车辆，但所有权受限。若您违反抵押合同约定擅自转让或使用，且被交警发现，车辆可能被债权人通过法律程序追回。
   • 同时，若抵押车辆存在未处理的交通违法记录或其他问题，交警也会依法处理。

三、特殊法律后果

1. 车辆被扣押：由于协议车可能存在权属不清的问题，交警在核实车辆信息时，若发现实际使用人与登记车主不符或其他可疑情况，有权将车辆暂扣以进一步调查处理。

2. 强制报废：若您的协议车被证实为非法改装、拼装或已达到报废标准却仍在路上行驶，交警部门有权对该车辆进行强制报废处理，即送往指定报废厂拆解，无法再恢复使用。

3. 涉及法律责任：若因驾驶协议车导致交通事故或其他违法行为发生，您除面临行政处罚外，还可能需承担相应的民事甚至刑事责任。例如，造成他人伤害或财产损失需赔偿受害者；构成犯罪则可能面临刑事处罚。

建议：为了避免不必要的法律风险和经济损失，您在购买或转让车辆时应确保办理正规的过户手续，使车辆权属清晰明确。同时，驾驶员在上路前应仔细检查车辆各项证件是否齐全有效，以保障自己的合法权益。