设施农用地协议的项目和建设主体发生变更，通常需要申请并办理相关变更手续。具体分析如下：

1. 协议变更的必要性
   设施农用地协议本质上是建设单位与土地所有权人（如村委会）或土地管理部门签订的合同，明确双方权利义务。若项目内容（如用途、规模、期限）或建设主体（如原企业转让给其他主体）发生变更，属于合同重大条款调整，需通过书面协议补充或重新签订，并报原审批部门备案或重新审批。
   法律依据：根据《民法典》第五百四十三条，合同变更需双方协商一致；若涉及行政许可（如农用地转用审批），还需符合《土地管理法》第四十四条关于农用地转用的规定。

2. 建设主体变更的特殊要求
   若建设主体变更涉及企业合并、分立、股权转让等情形，需注意：

• 原主体义务承接：新主体需承接原协议中的全部义务（如土地复垦、环保责任），否则可能构成违约；
  
• 行政审批衔接：部分地区要求新主体重新提交资质证明（如农业经营能力、环保合规文件），并经原审批部门同意；
  
• 土地权利人同意：若土地为集体所有，变更需经村民会议三分之二以上成员或村民代表同意，并公示无异议。

1. 未申请变更的法律风险
   

• 协议无效风险：擅自变更可能导致协议部分条款无效，甚至整个协议被撤销；
  
• 行政处罚风险：可能被认定为“未批先建”或“改变土地用途”，面临罚款、责令恢复原状等处罚；
  
• 权益纠纷风险：若新主体未与土地权利人重新约定权利义务，可能引发土地使用费、复垦责任等纠纷。

建议行动步骤：

1. 核查原协议是否约定变更条款（如“未经双方书面同意，不得变更”）；
   
2. 向当地农业农村局、自然资源局咨询变更所需材料（如变更申请书、新主体资质证明、原协议复印件）；
   
3. 与土地权利人协商并签署补充协议，明确变更后权利义务；
   
4. 提交变更申请后，跟进审批进度，确保手续合法合规。
   

若涉及复杂情形（如跨区域项目、国有农用地），建议进一步提供细节，我将结合具体法规分析。