发现施工员证被公司盗用注册后，您应立即采取以下措施来维护自身权益：

一、紧急处理措施

1. 挂失与报案

   • 向发证机构挂失：第一时间联系颁发施工员证的机构，说明证件被盗用的情况，并按照其指引进行挂失和补办手续，以防止盗用行为继续发生。
   • 向公安机关报案：同时，向当地公安机关报案，详细陈述证件被盗用的经过，以便警方介入调查，并获取报案回执或相关证明文件，为后续维权提供法律支持。

2. 全面收集证据

   • 查询注册信息：通过住房和城乡建设部门的执业注册信息查询平台，确认您的施工员证是否被非法注册，并截图保存相关证据。
   • 社保缴纳记录：检查您的社保缴纳记录，看是否有异常缴纳情况，这可能表明公司利用您的证件进行了非法挂靠。
   • 其他相关证据：仔细查找是否有与盗用行为相关的其他材料，如冒用您签名的文件、合同等，这些都是维权的重要证据。

二、与盗用方沟通协商

1. 联系企业：尝试与公司取得联系，明确告知其盗用您施工员证的行为属于侵权，并要求其立即停止挂证行为，办理证书注销或变更注册手续。沟通过程中，建议录音或发送书面函件（最好通过邮政特快专递EMS寄出），并保留好底单和物流信息。
2. 涉及中间人的处理：若发现中介等中间人参与盗挂，同样需与其沟通，要求其配合解决问题，并表明将采取进一步措施维护权益。

三、向相关部门投诉举报

1. 建设主管部门：向当地住房和城乡建设主管部门投诉举报，提交收集到的证据材料，详细说明情况。建设主管部门有权对违规企业进行调查和处罚，并协助解决证书被盗挂问题。
2. 人力资源和社会保障部门：若涉及社保违规缴纳，可向人力资源和社会保障部门反映，请求核查企业社保缴纳行为，并依法处理违法行为。
3. 市场监督管理部门：若盗用方违反市场监管法规，如虚假宣传、不正当竞争等，可向市场监督管理部门举报，要求查处相关企业。

四、考虑法律途径维权

1. 发送律师函：若沟通协商无果，可聘请律师向盗用方发送律师函，明确告知侵权事实和诉求，以及不妥善解决的法律后果。律师函具有威慑力，可能促使对方主动解决问题。
2. 提起诉讼：若上述方法均无效，可向人民法院提起民事诉讼，要求盗用方停止侵权行为、赔偿损失（包括名誉损失、经济损失等）。诉讼过程中，需提供充分证据支持主张。

五、预防措施与后续建议

1. 加强个人信息保护：妥善保管个人信息和证书原件，避免将证书等相关资料外借或随意放置，防止再次被盗用。
2. 定期查询注册信息：定期登录住房和城乡建设部门的执业注册信息查询平台，检查您的施工员证注册状态，确保没有被非法注册或挂靠。
3. 选择正规合作渠道：若需使用证件进行挂靠等合作，务必选择正规、合法的单位和渠道，并签订详细合同明确双方权利义务，避免陷入法律纠纷。

面对施工员证被公司盗用注册的情况，您应保持冷静并采取积极的应对措施。从挂失报案到收集证据，再到与盗用方沟通、向相关部门投诉举报，直至考虑法律途径维权，每一步都需谨慎操作并确保符合法律规定。 若您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。