公司因员工迟到两分钟而扣20元的做法是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律层面分析
罚款权归属：
- 罚款是行政处罚的一种，其权力仅归属于法定的国家机关，如行政机关等。企业作为用人单位，并不具备对员工进行罚款的权力。因此，公司无权因员工迟到而对其进行罚款。
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。公司因员工迟到两分钟而扣20元，实质上是对员工工资的非法扣除，违反了这一规定。
- 同时，《工资支付暂行规定》也明确列出了用人单位可以代扣劳动者工资的情形，如代扣个人所得税、社会保险费用等，但迟到罚款并不属于这些法定情形。
劳动合同法与规章制度：
- 虽然《中华人民共和国劳动合同法》允许用人单位制定劳动规章制度，但这些规章制度必须合法，且其制定程序需符合相关规定。即使规章制度中规定了迟到罚款的内容，如果该内容违反了法律法规，如《劳动法》中关于不得克扣工资的规定，那么该规章制度也是无效的。
二、实际操作与建议
合法扣除工资的情形：
- 用人单位在特定情况下可以合法扣除员工工资，但这必须有明确的法律依据，并且需要遵循一定的程序和限制。例如，如果员工因迟到导致用人单位经济损失，且用人单位能够证明这一损失，那么可以依据相关法律规定和劳动合同约定进行经济赔偿的扣除。但这种扣除也需在合理范围内，且不能随意设定罚款金额。
员工权益保护：
- 如果你认为公司的罚款行为侵害了自己的合法权益，首先可以尝试与公司进行协商解决，表达你的不满和理由。
- 协商不成时，你可以向当地的劳动行政部门举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动行政部门或劳动仲裁机构会依法进行调查和处理，保障你的合法权益不受侵害。
三、总结与提醒
- 综上所述，公司因员工迟到两分钟而扣20元的做法是不合法的。用人单位在制定劳动规章制度时，应确保其内容合法、程序合规，并充分尊重和保护劳动者的合法权益。
- 作为劳动者，你也应了解自己的权益，并在权益受到侵害时及时采取法律措施进行维权。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁方面的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。