在拆迁协议已签订但共有人对权益分配存在分歧时，征收方或拆迁办应采取以下措施，以保障各方合法权益并推动拆迁工作合法有序进行：

1. 暂停拆迁实施，避免激化矛盾
   根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十七条，征收方在未与被征收人达成补偿协议前，不得实施强制拆迁。若共有人已签订协议但内部对分配有争议，征收方应立即暂停拆迁行为（如房屋拆除、补偿款发放等），防止因单方行动导致矛盾升级或后续法律纠纷。

2. 组织共有人协商，明确分配方案
   征收方可依据《民法典》第三百零三条至第三百零九条关于共有物分割的规定，组织共有人召开协商会议，要求各方提供产权证明、家庭关系证明等材料，核实共有性质（按份共有或共同共有）及份额比例。若共有人能达成一致分配方案，可签署补充协议并备案；若无法协商，征收方应告知共有人通过法律途径解决，并保留相关协商记录。

3. 引导共有人通过法律程序解决争议
   若协商无果，征收方应明确告知共有人以下法律路径：

   • 共有物分割诉讼：共有人可向法院提起诉讼，请求对拆迁补偿权益进行分割，法院将根据共有性质、贡献大小等因素判决分配比例；
     
   • 确认协议效力之诉：若部分共有人认为协议签订存在欺诈、胁迫等情形，可起诉要求撤销或变更协议；
     
   • 行政诉讼：若征收方被指控未依法履行程序（如未公告、未听证等），共有人可提起行政诉讼。
     征收方需配合法院调查，提供协议签订过程、共有权属证明等证据。

4. 暂缓发放补偿款或提供替代性保障
   在争议解决前，征收方可将补偿款提存至公证处或法院指定账户，避免直接发放导致分配不公。若涉及安置房交付，可与共有人协商暂缓交房或签订临时保管协议，明确房屋使用规则及争议解决前的管理责任。

5. 协助共有人完善内部协议（非强制）
   若共有人同意自行分配但需法律文件支持，征收方可提供协议模板或建议其委托律师起草分配协议，明确各共有人权利义务、违约责任等内容，并建议办理公证以增强效力。但需注意，征收方无权强制共有人接受特定分配方案。

关键提醒：
征收方在处理此类纠纷时，需严格遵循“先协商、后法律”原则，避免因程序瑕疵被认定为“行政不作为”或“滥用职权”。同时，建议共有人在争议解决前保持房屋现状，防止因擅自改造、出租等行为影响权益认定。若您需进一步分析具体案情或起草法律文件，可直接向我咨询。