当发现工资多发了一遍时，作为用人单位，您可以按照以下步骤来合法且合理地追回多发的工资：

一、及时沟通与核实

1. 立即通知员工：一旦发现工资多发，应尽快与员工取得联系，可以通过面对面沟通、电话交谈或者发送正式邮件/书面通知的方式，礼貌且专业地告知员工工资发放出现错误的情况。

2. 详细说明情况：在沟通中，要清晰、准确地说明多发工资的具体金额、原因以及希望员工配合退还的意愿。同时，提供相关的工资发放记录作为证据，以便员工了解实际情况。

二、协商退还方案

1. 共同商讨退还方式：与员工一起商讨确定退还多发工资的具体方式。这可以包括从后续工资中合理扣除、要求员工直接转账至公司指定账户，或者根据员工的实际情况协商分阶段还款等。

2. 制定还款计划：根据公司财务制度和相关法律法规，制定一份详细的还款计划。计划中应明确还款金额、还款方式（一次性还清或分期偿还）、还款期限等关键信息，并确保计划合理、明确，符合双方利益。

三、签订书面协议

为了保障双方的权益，建议签订一份正式的书面协议。协议中应详细记录以下内容：

• 多发工资的具体情况，包括金额、原因等；
• 还款计划的具体内容，包括还款金额、方式、期限等；
• 双方的权利和责任，明确员工有义务退还多发工资，公司有权利追回；
• 违约责任和争议解决方式，以便在出现争议时有明确的解决途径。

四、保留相关证据

在整个过程中，务必保留好所有相关证据，包括但不限于：

• 工资发放记录，如工资表、银行转账记录、财务凭证等，以证明多发工资的事实和具体金额；
• 与员工的沟通记录，如电话通话录音、邮件往来、聊天记录等，以证明双方就退还事宜的沟通和共识；
• 签订的书面协议及还款计划的执行情况记录，以便在需要时提供证明。

五、采取法律途径（如协商不成）

如果员工拒绝合作或提出异议，公司可以考虑采取以下法律措施：

1. 发送催款函：向员工发送正式的催款函，明确指出多发工资的事实、金额、要求退还的期限以及逾期不退还可能面临的法律后果。催款函应通过可靠方式送达，并保留好送达凭证。

2. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果争议属于劳动争议范畴，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。劳动仲裁程序相对简便、快捷，有助于解决双方纠纷。如果劳动仲裁无法解决问题，或者公司认为直接诉讼更为合适，可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼中，公司需提供充分证据证明多发工资事实及员工拒绝退还情况，以维护合法权益。

六、注意事项

在处理此类问题时，公司应遵循法律法规，以合法、合理、公正的方式操作。避免采取威胁、恐吓等非法手段逼迫员工还款，同时注重与员工的沟通和理解，努力达成双方都能接受的解决方案。这样不仅可以维护公司的权益，也可以避免引发不必要的法律风险和劳动纠纷。