公司多发的三千元工资属于不当得利，员工应当返还，公司可通过协商、内部处理流程或法律途径追回。具体分析如下：

1. 法律性质认定
   根据《民法典》第122条，不当得利指没有法律根据取得不当利益，造成他人损失的情形。公司因操作失误多发工资，员工获得该部分利益缺乏法律依据，构成不当得利，公司有权要求返还。

2. 追回方式与流程

   • 协商解决：公司可先与员工沟通，说明多发工资的事实及法律依据，要求员工主动返还。这是最直接、成本最低的方式。
     
   • 内部处理：若员工拒绝返还，公司可依据内部规章制度（如《员工手册》中关于工资发放错误的处理条款）进行扣减。但需注意：
     
     • 规章制度需经民主程序制定并公示；
       
     • 扣减金额不得超过员工当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准（《工资支付暂行规定》第16条）。
       
   • 法律途径：若协商和内部处理均无效，公司可向法院提起不当得利之诉，要求员工返还多发工资及可能产生的利息损失。

3. 员工需注意的风险

   • 若员工明知多发工资仍拒绝返还，可能面临：
     
     • 法院判决强制返还；
       
     • 若金额较大（通常指5000元以上），可能涉嫌《刑法》第270条规定的侵占罪（但实践中因工资多发构成侵占罪的案例极少，需结合具体情节判断）。
       
   • 即使员工已离职，公司仍可通过法律途径追偿，且员工可能因拒不返还被列入失信名单，影响征信。

4. 建议行动步骤

   • 公司角度：
     
     1. 保留工资发放记录、银行流水等证据；
        
     2. 优先通过书面形式（如邮件、函件）与员工沟通，明确返还要求及期限；
        
     3. 若员工拒绝，及时咨询律师，评估诉讼可行性。
        
   • 员工角度：
     若因公司失误收到多余工资，建议主动联系公司说明情况并返还，避免后续法律风险。

总结：多发工资需返还，公司可通过协商、内部扣减或诉讼追回。员工应积极配合，避免因小失大。如有具体操作疑问，可进一步向我咨询细节。