加班费按最低工资标准计算，在多数情况下是不合法的。以下是对这一问题的详细解释：

一、加班费的支付标准

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条及《工资支付暂行规定》第十三条，加班费的支付有明确的标准：

1. 工作日加班：需支付不低于工资的150%的工资报酬。
2. 休息日加班且不能安排补休：需支付不低于工资的200%的工资报酬。
3. 法定休假日加班：需支付不低于工资的300%的工资报酬。

二、加班费的计算基数

加班费的计算基数是关键，它决定了加班费的具体数额。计算基数应遵循以下原则：

1. 劳动合同约定：如果劳动合同中明确约定了工资数额，且该数额高于当地最低工资标准，那么加班费应以劳动合同约定的工资作为计算基数。
2. 集体合同约定：若用人单位与工会或职工代表签订了集体合同，并其中对工资有明确约定，当此约定工资高于最低工资标准时，加班费计算应以集体合同约定的工资为基数。
3. 正常出勤月工资：在没有劳动合同和集体合同约定的情况下，加班费应按照劳动者正常出勤月工资的70%来确定计算基数，但这一基数不得低于当地最低工资标准。正常出勤月工资指的是劳动者在法定工作时间内提供正常劳动所获得的全部劳动报酬。

三、按最低工资标准计算加班费的不合法性

在大多数情况下，劳动者的实际工资（包括基本工资、奖金、津贴等）会高于当地最低工资标准。因此，如果用人单位按照最低工资标准来计算加班费，这将违反法定加班费支付标准，损害劳动者的权益。例如，若劳动者的月工资为5000元，而用人单位却按照2000元的最低工资标准来计算加班费，这显然是不合法的。

四、合法情况的例外

虽然按最低工资标准计算加班费在多数情况下不合法，但也存在例外情况。这主要发生在劳动者的正常出勤工资就是当地最低工资标准，或者劳动合同、集体合同中明确约定加班费计算基数为最低工资标准，并且这些约定不违反法律、法规的强制性规定，同时也不低于法定的加班费支付标准。然而，这种情况较为罕见。

五、劳动者的维权途径

如果劳动者发现用人单位存在按最低工资标准计算加班费的不合法行为，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 协商沟通：首先尝试与用人单位进行协商，要求其按照正确的计算基数支付加班费。
2. 投诉举报：若协商无果，可以向当地的劳动保障监察部门进行投诉举报，由相关部门责令用人单位改正并支付相应费用。
3. 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径要求用人单位补足加班费差额。

总结：加班费按最低工资标准计算在多数情况下是不合法的。用人单位应依法支付加班费，而劳动者也有权通过多种途径维护自己的合法权益。如果您遇到此类问题，建议首先与用人单位协商，若协商无果，可及时向相关部门投诉举报或申请劳动仲裁。