核心结论：员工在公司受伤请假，工资是否扣除及如何计算，需根据受伤性质（是否属于工伤）、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下是具体分析：

1. 若受伤属于工伤
   根据《工伤保险条例》及《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，工伤停工留薪期内（即治疗期间），原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付，不得扣除或降低。

   • 计算方式：以员工受伤前12个月的平均工资为基准，按实际请假天数折算（如月工资5000元，请假10天，则支付5000÷21.75×10≈2298.85元）。
     
   • 例外情形：若员工存在故意自伤、醉酒或吸毒等《工伤保险条例》第十六条规定的情形，则不享受工伤待遇，工资可能被扣除。

2. 若受伤不属于工伤（如个人意外或非工作原因）
   此时需依据公司规章制度及《劳动合同法》处理：

   • 医疗期规定：员工因病或非因工负伤需停止工作医疗时，根据工作年限享受3-24个月医疗期，医疗期内公司不得解除劳动合同，但工资可按一定比例支付（通常为当地最低工资的80%）。
     
   • 公司制度合法性：若公司规章制度明确规定“非工伤请假扣工资”，需符合以下条件才合法：
     
     • 制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）；
       
     • 已向员工公示或告知；
       
     • 扣除比例不违反法律强制性规定（如不得低于最低工资标准）。
       
   • 违法扣除的后果：若公司无合法依据扣除工资，员工可要求补发差额，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 实务建议

   • 保留证据：保存工伤认定书、医疗证明、请假记录等材料，以证明受伤性质及请假合理性。
     
   • 核对制度：查阅劳动合同及公司规章制度，确认工资扣除条款是否合法。
     
   • 协商或投诉：若公司违法扣工资，可先协商解决；协商不成，及时向劳动监察大队举报或申请仲裁。

总结：工伤请假期间工资原则上不得扣除，非工伤请假需按医疗期规定及公司合法制度处理。若遇纠纷，建议根据具体情况提供证据，依法维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。