在劳动争议案件中，用人单位确实承担着较重的举证责任，这主要是基于保护劳动者权益、双方举证能力及对证据的控制等因素的考虑。以下是对用人单位在劳动争议中应承担的举证责任的详细解析：

一、基本举证原则

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条的规定：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”这一原则明确了在劳动争议中，用人单位对于其掌握和管理的证据负有举证责任。

二、用人单位特殊举证责任的具体内容

1. 劳动关系存在的证明：

   • 用人单位应提供劳动合同、工资支付记录、考勤记录等证据，以证明与劳动者之间存在劳动关系。若未签订劳动合同，用人单位还需提供其他能证明劳动关系的材料，如工作证、服务证、招聘登记表等。

2. 工资支付情况的证明：

   • 用人单位应提供工资支付台账或清单，明确记载劳动者的工资数额、支付时间、支付方式等信息。工资支付台账至少需保存两年备查，以确保在劳动争议发生时能够提供相关证据。

3. 规章制度合法性的证明：

   • 用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过民主程序，并提供相关证据。规章制度的内容不得违反法律法规的规定，否则将承担不利后果。

4. 解除或终止劳动合同的证明：

   • 用人单位在解除或终止劳动合同时，应提供合法有效的证据，如解除劳动合同通知书、离职证明等。若因劳动者过错而解除劳动合同，用人单位还需提供劳动者存在过错的证据。

5. 加班事实与加班工资的证明：

   • 劳动者主张加班工资的，用人单位应提供实际工作时间的记录或加班审批流程、加班通知等证据。若双方均无法证明实际工作时间，用人单位应就劳动者所处工作岗位的一般加班情况举证。

6. 劳动报酬变动与支付的证明：

   • 用人单位减少劳动者劳动报酬的，应就减少的原因及依据举证。若用人单位延期支付工资，劳动者主张系无故拖欠的，用人单位应就延期支付的原因进行举证。

7. 工伤认定的证明：

   • 根据《工伤保险条例》第十九条，若职工或其近亲属认为是工伤，而用人单位不认为的，由用人单位承担举证责任。用人单位需提供证据证明职工的受伤并非在工作时间和工作场所内因工作原因造成。

三、用人单位未履行举证责任的后果

若用人单位未按照法律规定提供由其掌握管理的与争议事项有关的证据，或者提供的证据不足以证明其主张的，将承担不利后果。这可能导致用人单位在劳动争议中败诉，需要承担相应的法律责任和经济赔偿。例如，若用人单位无法提供工资支付记录，可能被视为未支付工资，从而面临支付工资及赔偿金的风险。

四、实际案例与法律建议

实际案例：假设员工小李主张公司未支付其加班工资，并提供了初步的加班证据（如加班申请单复印件）。如果公司有完善的考勤系统，且考勤记录由公司保管，那么小李可以要求公司提供考勤记录以证明其加班事实。如果公司拒绝提供或提供的考勤记录不完整，则可能被视为拖欠加班费，从而承担不利后果。

法律建议：

• 完善证据保存机制：用人单位应建立完善的证据保存制度，确保与劳动争议相关的证据能够完整保存并及时提供。
• 加强内部管理：用人单位应规范内部管理流程，确保规章制度的制定、修改和执行符合法定程序，减少劳动争议的发生。
• 积极应对劳动争议：在劳动争议发生时，用人单位应积极应对，及时提供相关证据，避免承担不利后果。

综上所述，用人单位在劳动争议中承担的举证责任是全面且具体的。如果你有任何关于劳动争议举证责任的具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。