公司扣员工工资是否合法，不能一概而论，而是取决于扣工资的具体原因和方式是否符合法律法规的规定。以下我将从合法扣工资和违法扣工资两个角度，结合相关法律条款进行详细分析：
合法扣工资的情形
代扣个人所得税：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，用人单位有义务从员工工资中代扣代缴个人所得税。这是法定义务，属于合法的工资扣除。
代扣社会保险费用：
- 包括养老保险、医疗保险、失业保险等，这些费用由用人单位和个人共同承担。用人单位有权从员工工资中代扣个人应缴纳的部分，并代为缴纳至社保机构，这也是合法的。
法院判决或裁定要求代扣的抚养费、赡养费等：
- 如果员工需要支付抚养费、赡养费或其他法定费用，且法院已作出判决或裁定，用人单位可以依法代扣。
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
违反公司规章制度或劳动纪律的罚款：
- 如果公司的规章制度明确规定了对某些违规行为的处罚措施，并且该制度经过民主程序制定并公示，那么用人单位可以根据规定对员工进行罚款，罚款金额通常从工资中扣除。但需注意，罚款的金额和方式必须合理，不能侵犯员工的合法权益。
事假扣款：
- 员工请事假期间，用人单位可以不支付其工资。这并非严格意义上的“扣工资”，而是基于员工未提供正常劳动的事实。
绩效不达标扣款：
- 如果劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且扣款金额合理，与绩效考核结果直接相关，那么用人单位可以根据绩效考核结果对员工的工资进行调整。
旷工扣款：
- 员工无故旷工时，用人单位可以按照公司规章制度或法律规定扣除相应的工资。
违法扣工资的情形
克扣工资：
- 用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资（少发、明确表示拒绝发放剩余部分工资），即为克扣工资。例如，迟到一次罚款500元、未完成工作任务扣发工资等，若缺乏法律依据或规章制度支持，均属违法行为。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
拖欠工资：
- 用人单位无正当理由超过规定付薪时间未支付劳动者工资，也属于违法行为。根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
罚款金额过高或不合理：
- 即使公司有权对员工进行罚款，但罚款的金额必须合理，不能过高或不合理地侵犯员工的经济利益。否则，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
法律建议：
- 如果您认为公司扣工资的行为违法，首先可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣工资的具体原因和依据。
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者依法向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：公司扣员工工资是否合法，关键在于扣工资的原因和方式是否符合法律法规的规定。如果您对此有疑问或遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。