在法人被留置期间，公司仍可能因违法行为面临行政处罚立案，但需注意留置措施对立案程序及后续处理的影响，具体分析如下：

1. 留置期间不影响行政处罚立案的启动
   留置是监察机关对涉嫌职务违法或犯罪的公职人员采取的强制措施，其目的是调查取证，而非直接否定公司违法行为的行政责任。若公司存在违反《行政处罚法》《公司法》等法律法规的行为（如虚假登记、税务违法、环保违规等），行政机关仍可依法启动立案程序。
   法律依据：根据《行政处罚法》第54条，行政机关发现违法行为后，符合立案标准的应当及时立案，未明确排除被留置人员所在单位的立案资格。

2. 立案程序的关键步骤与注意事项

   • 调查取证：行政机关需独立收集证据（如合同、财务记录、监控录像等），证明公司存在违法行为。若法人被留置导致其无法配合调查，行政机关可要求公司其他负责人（如副总经理、财务总监）或员工提供材料，或通过第三方机构（如审计、鉴定）协助取证。
     
   • 告知与听证：立案后，行政机关应向公司送达《行政处罚事先告知书》，明确违法事实、处罚依据及拟处罚内容。公司有权在规定期限内提出陈述、申辩或要求听证。若法人被留置，公司可委托律师或其他代理人参与听证程序。
     
   • 决定与送达：行政机关根据调查结果作出处罚决定，并送达公司。若法人被留置导致无法直接签收，可通过留置送达（在公司办公场所张贴决定书并拍照记录）或公告送达（在官方网站或报纸刊登）完成送达程序。

3. 留置对行政处罚执行的影响

   • 罚款缴纳：若处罚决定包含罚款，公司需在法定期限内缴纳。法人被留置不影响公司作为独立法律主体的责任承担，罚款可由公司账户支付或由其他负责人代为处理。
     
   • 整改要求：若处罚要求公司停止违法行为、限期整改（如补办许可、修复环境），公司需立即执行，法人被留置不构成免责理由。行政机关可监督公司其他管理人员落实整改措施。
     
   • 信用惩戒：若公司未履行处罚决定，可能被列入失信名单，影响招投标、政府采购等资格。此后果与公司是否因法人被留置而“无法履行”无关，需由公司自行承担。

4. 特殊情形：法人被留置是否影响公司责任认定

   • 职务行为与个人行为区分：若公司违法行为系法人个人决策（如挪用资金、虚假陈述），且其他管理人员未参与或不知情，行政机关可能重点追究法人个人责任，对公司从轻或免除处罚。但若违法行为系公司集体决策或日常经营行为（如超范围经营、偷税漏税），公司仍需承担主体责任。
     
   • 代理权问题：若法人被留置导致公司无法正常签署文件（如处罚决定书、整改报告），公司可出具授权委托书，由其他负责人或律师代为处理。行政机关不得以“法人无法签字”为由拒绝接收材料或拖延程序。

建议：若公司面临此类情况，应尽快委托律师介入，协助完成以下工作：

• 与行政机关沟通，说明法人被留置的背景，争取合理期限完成调查配合；
  
• 审核行政机关的证据链，确保处罚依据充分、程序合法；
  
• 制定整改方案，避免处罚升级（如从罚款变为吊销执照）；
  
• 若认为处罚不当，依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。