结论前置：公司在有仲裁案件的情况下，理论上可以申请注销，但必须依法进行清算并妥善处理所有未了结的债务和法律责任，包括仲裁中的争议。注销并不能作为逃避仲裁责任或裁决结果的手段，否则可能面临更严重的法律后果。

一、公司注销与仲裁案件的关系

从法律层面来说，没有明确的法律法规禁止处于仲裁程序中的公司进行注销登记。只要公司符合《公司法》等相关法律法规规定的注销条件，即可向登记机关申请注销。这些条件包括但不限于：

1. 成立清算组：负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。
2. 通知、公告债权人：确保债权人有足够的时间申报债权。
3. 制定清算方案：并经股东会、股东大会或者人民法院确认。
4. 清偿公司债务：按照法定顺序清偿公司债务，确保所有债务得到妥善处理。

完成上述程序后，公司方可申请注销其法人资格。

二、注销过程中需特别注意的仲裁事项

1. 清算义务与责任：

   • 公司在决定注销时，必须成立清算组进行清算，特别关注尚未了结的仲裁案件，确保这些案件得到妥善处理。
   • 如果公司隐瞒仲裁案件进行注销，清算组成员可能因违法清算而承担法律责任。

2. 仲裁权利义务的承继：

   • 公司注销后，其法人资格消灭，原本参加仲裁的主体不复存在。
   • 若公司在注销前未妥善处理仲裁事项，可能导致仲裁程序无法正常进行，进而影响相关方的合法权益。
   • 在某些特殊情况下，如仲裁案件涉及公司未清偿的债务，债权人有权要求公司的股东、发起人或出资人在未依法清算的范围内承担清偿责任，此时仲裁程序可能会将相关责任主体变更为这些承继者继续进行。

三、不同情况下的处理方式

1. 公司作为被申请人：

   • 如果公司有尚未解决的仲裁案件且涉及财产纠纷，需在注销前先行处理这些纠纷，确保不损害其他人的合法权益。
   • 这可能包括与对方协商达成和解、履行仲裁裁决或等待仲裁结果出来后再进行清算和注销。

2. 公司主动提起仲裁：

   • 如果公司主动提起仲裁维权或追债，则注销不受此影响，但仍需依法进行清算和注销程序。
   • 在清算过程中，应确保仲裁请求得到妥善处理，避免因注销而影响仲裁的进行。

四、恶意注销的法律后果

如果公司试图通过注销来逃避仲裁责任或裁决结果，这将被视为恶意行为。在这种情况下，公司不仅无法免除其法律责任，还可能面临更严重的法律后果，如：

• 被追究刑事责任：如果注销行为构成犯罪，如欺诈、虚假出资等，相关责任人可能面临刑事处罚。
• 被列入失信被执行人名单：这将对公司的声誉和信用造成严重影响，进而影响其未来的商业活动。

五、操作建议与风险提示

• 建议：为避免法律风险和纠纷，公司最好在仲裁案件处理完毕后再进行注销。如果确实需要在仲裁期间注销，应当及时通知仲裁机构和对方当事人，并按照法律规定进行公告，确保各方知悉并有机会提出异议。
• 合规操作：注销公司时，必须严格按照《公司法》等法律法规的要求进行操作，包括通知债权人、进行公告、成立清算组等步骤，以确保注销程序的合法性和有效性。

总结：公司在有仲裁案件的情况下申请注销需谨慎行事。为确保合法合规地注销公司并避免潜在的法律风险，建议公司在处理注销事宜前咨询我，我会根据你的具体情况提供详细的法律指导和建议。