加班迟到扣钱是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且已公示，加班迟到扣钱可能合法
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 分析：如果公司有明确的规章制度，规定加班迟到可以扣钱，并且这一制度已经通过合法程序制定，且已向劳动者公示或告知，那么在这种情况下，加班迟到扣钱可能是合法的。但需要注意的是，扣钱的金额应当合理，不能过分高于劳动者因迟到所造成的实际损失，否则可能构成克扣工资，违反《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的规定。
若公司规章制度不合法或未公示，加班迟到扣钱不合法
- 分析：如果公司没有明确的规章制度规定加班迟到可以扣钱，或者规章制度没有通过合法程序制定，或者未向劳动者公示或告知，那么在这种情况下，加班迟到扣钱就是不合法的。劳动者有权拒绝这种不合法的扣款，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
特殊情况下的考虑
- 加班性质：如果加班是劳动者自愿的，且公司没有强制要求，那么迟到扣钱的规定可能更加严格，需要符合更严格的法律标准。
- 扣款金额：即使公司规章制度合法且已公示，扣款金额也必须合理。如果扣款金额过高，可能被视为对劳动者的不公平对待，甚至可能构成违法行为。
建议：
- 对于劳动者：如果遇到加班迟到被扣钱的情况，首先应当查看公司的规章制度，了解扣款的规定是否合法且已公示。如果认为扣款不合法或不合理，可以与公司进行协商，或者向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁来维护自己的权益。
- 对于公司：应当制定合法、合理的规章制度，并确保这些制度已经通过合法程序制定且已向劳动者公示或告知。在扣款时，应当确保扣款金额合理，避免因为扣款问题而引发劳动纠纷。
总结：加班迟到扣钱是否合法，取决于公司的规章制度是否合法且已公示，以及扣款金额是否合理。如果遇到相关问题，建议咨询专业律师或劳动监察部门以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的解答。