在民事诉讼中，书记员的回避决定主体根据具体情况有所不同，但主要由审判长或独任审判员负责。以下是对这一问题的详细解析：
一般情况下的回避决定：
- 在大多数民事诉讼案件中，书记员的回避由审判长决定。审判长作为案件审理的核心组织者，负责指挥庭审等诉讼活动，并有权对与案件相关的程序性事项，包括书记员的回避申请，进行审查并作出决定。例如，在普通民事合同纠纷案件中，如果当事人认为书记员与对方当事人存在可能影响公正的关系而提出回避申请，审判长将对该申请进行审查并决定是否准许。
特殊情况下的回避决定：
- 案件审理开始前的回避申请：如果当事人在案件尚未正式进入庭审阶段就提出了书记员的回避申请，此时由于审判长可能尚未正式介入案件，或者因其他原因无法行使回避决定权，则由法院院长来决定书记员是否回避。
- 审判长自身需要回避的情形：当审判长因与案件存在利害关系或其他原因而不能行使回避决定权时，同样需要由法院院长来作出书记员是否回避的决定。
- 院长担任审判长时的回避问题：如果院长亲自担任审判长，并且出现了需要回避的情况，此时应由审判委员会来决定书记员的回避问题，以确保回避决定的公正性和权威性。
法律背景与建议：
- 回避制度的重要性：回避制度是为了确保诉讼的公正、公平和独立性而设立的。当诉讼参与人认为某一审判人员或其他可能影响案件公正处理的人员与本案有利害关系时，可以提出回避申请，这是保障诉讼程序公正进行的重要机制。
- 回避的申请与决定程序：当事人认为书记员存在需要回避的情形时，有权向审判长或独任审判员提出口头或书面申请，并说明理由。审判长或独任审判员接到申请后，应进行审查，并在合理期限内作出决定。若决定支持回避申请，应及时更换书记员；若决定驳回回避申请，应向当事人说明理由。
- 对当事人的建议：如果你在民事诉讼中认为书记员与案件存在利害关系或其他可能影响公正审理的情形，应及时向审判长或独任审判员提出回避申请，并附上相关证据或理由。同时，你也可以咨询我，了解更多关于回避制度的具体规定和操作流程，以确保你的合法权益得到保障。
综上所述，民事诉讼中书记员的回避决定主体根据具体情况有所不同，但主要由审判长或独任审判员负责。在特殊情况下，如案件审理开始前或审判长自身需要回避时，由法院院长决定；若院长担任审判长并需要回避，则由审判委员会决定。希望这些信息能对你有所帮助，如果你有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。