当公司的股东是另一家公司时，在起诉过程中需根据具体诉讼目的和法律关系来确定被告及相关策略，以下是详细分析：

1. 明确诉讼目的和法律关系
   • 若起诉股东公司本身：如果是因为股东公司存在诸如抽逃出资、未履行出资义务、滥用股东权利损害公司或其他股东利益等行为，而要对其提起诉讼，那么直接将该股东公司列为被告即可。例如，股东公司承诺出资1000万元，但实际仅出资500万元，且经催告后在合理期限内仍未补足出资，此时公司或其他股东可以股东公司为被告，要求其履行出资义务并承担违约责任。
   • 若起诉目标公司：当是因为目标公司自身的行为，如违约、侵权等，要对其提起诉讼时，目标公司就是被告。而股东公司作为目标公司的股东，一般情况下不直接成为该诉讼的被告，但在某些特殊情形下可能会被牵连。比如，股东公司滥用目标公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害目标公司债权人利益的，债权人可以要求股东公司对目标公司的债务承担连带责任，此时可将目标公司和股东公司列为共同被告。
2. 确定管辖法院
   • 合同纠纷：如果是因为合同纠纷起诉，根据《中华人民共和国民事诉讼法》规定，一般由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。当被告是股东公司时，就到股东公司住所地或合同履行地法院起诉；当被告是目标公司时，则到目标公司住所地或合同履行地法院起诉。
   • 侵权纠纷：对于侵权纠纷，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。侵权行为地包括侵权行为实施地和侵权结果发生地。同样根据被告是股东公司还是目标公司，来确定相应的管辖法院。
3. 准备诉讼材料
   • 起诉状：起诉状应当记明原告和被告的基本信息，包括名称、住所、法定代表人或负责人的姓名等信息；诉讼请求和所根据的事实与理由；证据和证据来源，证人姓名和住所。在起诉股东公司或目标公司时，要准确清晰地写明相关主体信息以及具体的诉求和事实依据。
   • 证据材料：根据不同的诉讼目的收集相应的证据。如果是起诉股东公司未履行出资义务，需要提供公司章程、出资协议、验资报告、银行转账记录等证据；如果是起诉目标公司侵权，要收集侵权行为的相关证据，如侵权现场的照片、视频、证人证言等。

在诉讼过程中，情况可能会比较复杂，如果涉及金额较大或法律关系疑难，建议及时向我进一步咨询，以便更好地维护自身合法权益。