结论前置：三方协议在未经学校盖章的情况下通常不生效，但具体还需根据协议中的约定以及实际情况来判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、三方协议生效的一般条件
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同书形式的合同需经各方当事人签名、盖章或者按指印后方能成立。对于三方协议而言，通常需要学校、毕业生和用人单位三方的签字或盖章才能生效。学校的盖章不仅代表对协议内容的认可，也是合同成立的重要标志之一，同时体现了学校在毕业生就业过程中的监督和管理角色。
- 民事行为能力：协议各方，包括学校、毕业生和用人单位，应具备独立的缔约资格和民事行为能力，能够对自己的行为负责。
- 内容合法性：协议的内容必须严格遵守国家法律法规，不得含有违法或违反行政法规强制性规定的条款，否则可能导致整个协议无效。
- 签字或盖章：如前所述，三方协议通常需要三方的签字或盖章才能生效。
二、特殊情况下的协议效力
- 特殊约定：如果毕业生和用人单位在协议中明确约定排除学校盖章作为生效要件，并且该约定符合法律法规的规定，那么即使学校没有盖章，协议在双方之间仍然可能具有法律效力。但这种情况在实践中并不常见，且需要协议中有明确的约定。
- 实际履行：根据《中华人民共和国民法典》的规定，在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。如果毕业生和用人单位已经按照协议内容实际履行了各自的主要义务，且对方接受，那么即使学校没有盖章，协议也可能被视为已经成立并生效。但这种情况同样需要具体分析，且存在较大的法律风险。
三、未盖章协议可能带来的影响与风险
- 对学校的影响：学校无法确认协议的有效性，可能影响就业派遣、档案转接等后续手续。
- 对公司的潜在风险：若学生最终未履约，公司可能面临招聘成本损失及岗位空缺问题。
- 对学生的影响：违约时需按协议承担违约责任（如支付违约金）；可能影响个人信用记录及未来求职。
四、建议处理方案
优先完成协议签署流程：
- 尽快将已盖章的协议交至学校就业指导中心审核并加盖公章。
- 仔细核对协议中关于生效时间的条款（如“三方签章后生效”），确保流程合规。
若需变更或解除协议：
- 与公司协商说明情况，争取达成书面解除协议或修改条款的共识。
- 遵循法定程序，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，协商一致可解除合同；若单方解约，需提前通知对方并按协议约定承担责任。
- 及时告知学校协议变更情况，避免影响毕业派遣。
保留证据以规避纠纷：
- 保存与公司、学校的邮件、短信等往来凭证。
- 所有协商结果均需形成书面文件并由双方签字确认。
五、注意事项
- 时间节点把控：关注学校规定的协议提交截止日期，避免因延误影响毕业手续。
- 违约金计算：若协议约定违约金，需提前核算金额并做好财务准备。
总结与建议：三方协议在未经学校盖章的情况下通常不生效，但具体还需根据协议中的约定以及实际情况来判断。为了确保协议的有效性和双方权益的保护，建议你尽快与学校沟通完成盖章手续。如果因特殊原因无法完成盖章手续，双方应协商采取其他措施，如签订补充协议等，来确保协议的有效性和双方权益的保护。在整个过程中，保留好相关证据和文件是非常重要的，以备不时之需。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。