结论：在特定条件下，可以层层穿透股东的股东未实际出资的情况，但这通常涉及复杂的法律程序和证据收集。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与原则
在探讨能否层层穿透股东的股东未实际出资的问题时，我们首先要明确的是，公司法及相关法规主要规范的是公司与其股东之间的关系，以及股东之间的权利义务。对于股东的股东（即间接股东）的出资情况，法律并没有直接规定可以穿透审查，但在特定情况下，如涉及虚假出资、抽逃出资等违法行为，或者通过合同、章程等约定了穿透审查的权利时，可能可以进行穿透审查。
二、可能的情况与法律依据
虚假出资或抽逃出资：
- 如果股东的股东存在虚假出资或抽逃出资的行为，且这种行为直接影响了公司的资本充足性和债权人的利益，那么根据《公司法》及相关司法解释，公司或其他股东有权要求其承担相应的法律责任。
- 在这种情况下，为了证明虚假出资或抽逃出资的事实，可能需要对股东的股东的出资情况进行穿透审查。
合同或章程约定：
- 如果公司章程或股东之间的合同中明确约定了可以对股东的股东的出资情况进行穿透审查，那么在符合约定条件的情况下，可以进行穿透审查。
- 这种约定通常是为了保护公司或其他股东的利益，防止因间接股东的出资问题而损害公司的正常运营。
司法实践中的穿透审查：
- 在某些司法实践中，法院可能会根据案件的具体情况，对股东的股东的出资情况进行穿透审查。这通常发生在涉及公司解散、清算或重大诉讼等情况下，为了保护债权人的利益或查明案件事实，法院可能会要求股东提供其股东的出资证明等相关资料。
三、穿透审查的难点与挑战
证据收集：
- 穿透审查需要收集大量的证据来证明股东的股东的出资情况，这可能包括银行转账记录、出资协议、验资报告等。这些证据的收集可能面临诸多困难，如证据灭失、难以获取等。
法律程序：
- 穿透审查通常需要通过法律程序进行，如提起诉讼或申请仲裁等。这些程序可能耗时较长，且需要支付一定的诉讼费用或仲裁费用。
法律适用：
- 在不同地区或不同法院之间，对于穿透审查的法律适用可能存在差异。这可能导致在相同或类似的情况下，不同法院作出不同的判决或裁定。
四、建议与措施
完善公司章程和合同：
- 在公司章程或股东之间的合同中明确约定穿透审查的权利和条件，以便在需要时能够顺利进行穿透审查。
加强证据收集与管理：
- 公司应建立健全的财务管理制度，妥善保管与股东出资相关的所有证据和资料，以便在需要时能够提供充分的证明。
寻求专业法律帮助：
- 在涉及穿透审查的问题时，公司应寻求专业律师的帮助，以确保法律程序的合法性和有效性，并最大限度地保护公司的利益。
总结来说，虽然法律并没有直接规定可以层层穿透股东的股东未实际出资的情况，但在特定条件下，如涉及虚假出资、抽逃出资或合同、章程约定等情况下，可能可以进行穿透审查。然而，穿透审查面临诸多难点和挑战，需要公司加强证据收集与管理，并寻求专业法律帮助。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。