结论：国企部门负责人扣绩效是否违规，需结合具体情况判断，包括扣绩效的依据、程序以及是否符合法律法规和公司规章制度等。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
劳动合同与规章制度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位（包括国企）应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
- 如果国企的规章制度中明确规定了绩效扣减的条件、程序和标准，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么部门负责人按照规章制度扣减绩效，通常不视为违规。
合法性与合理性：
- 扣减绩效必须基于合法、合理的理由，如员工工作表现不佳、违反公司规定等。
- 如果扣减绩效缺乏合法依据或理由不合理，可能构成对员工权益的侵害，员工有权依法维权。
二、公司规章制度层面
规章制度的内容：
- 国企应制定明确的绩效考核制度，包括考核标准、考核程序、绩效扣减等条款。
- 规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知，以确保员工知晓并同意。
规章制度的执行：
- 部门负责人在执行绩效扣减时，应严格按照规章制度的规定进行，确保程序合法、公正。
- 如果部门负责人随意扣减绩效，未遵循规章制度的规定，可能构成违规行为。
三、实际操作层面
扣减绩效的依据：
- 部门负责人在扣减绩效前，应确保有充分的证据支持其决定，如员工的工作记录、考核结果等。
- 缺乏依据的扣减绩效可能引发员工的不满和争议。
沟通与协商：
- 在扣减绩效前，部门负责人应与员工进行充分的沟通和协商，解释扣减的原因和依据。
- 通过沟通和协商，可以增进双方的理解，减少争议和冲突。
四、法律后果与维权途径
法律后果：
- 如果部门负责人违规扣减绩效，可能面临法律责任，如被员工投诉、劳动仲裁或诉讼等。
- 国企也可能因部门负责人的违规行为而遭受声誉损失和法律风险。
维权途径：
- 员工认为部门负责人违规扣减绩效的，可以向国企的人力资源部门或工会投诉。
- 如果投诉无果，员工还可以向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
建议：作为国企部门负责人，在扣减员工绩效时，应确保有充分的依据和合理的理由，并严格按照公司规章制度和法律法规的规定进行。同时，加强与员工的沟通和协商，增进双方的理解和信任。如果您在处理此类问题时遇到法律难题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。