关于土地被别人耕种后赔偿款归属的问题，结论如下：

赔偿款原则上应归土地的合法使用权人所有。当土地被他人非法耕种时，这构成了对土地使用权人的侵权，侵权人需要承担赔偿责任，赔偿款即是对土地使用权人因此遭受损失的补偿。

接下来，我们从几个角度详细分析这个问题：

1. 赔偿款的确定依据：

   • 作物产值损失：非法耕种导致土地使用权人失去了在该土地上种植自己选择作物的收益机会。赔偿时应根据该土地正常种植情况下，主要农作物的平均产量和市场价格来估算损失。
   • 土地肥力损耗：不合理的种植方式可能会过度消耗土壤养分，降低土地肥力。赔偿范围应包括为恢复土地原有肥力所需的额外肥料、改良措施等费用。
   • 恢复土地原状费用：若非法耕种者改变了土地原状，如建造临时设施、挖掘沟渠等，需承担恢复费用，包括拆除设施、平整土地等所需的人力、物力和财力支出。
   • 其他直接和间接损失：如重新购买种子、化肥等因侵权行为而产生的额外费用，以及若庄稼被毁，还需计算庄稼的价值。

2. 赔偿金额的确定方法：

   • 协商确定：双方可以根据上述考量因素，结合实际情况，共同商定一个合理的赔偿金额。这种方式便捷高效，有利于维护双方关系。
   • 参照同类土地租金：在无法准确计算作物产值损失等情况下，可以参考当地同类土地的租金标准。土地租金反映了土地在一定时期内的使用价值，具有合理性和客观性。
   • 司法鉴定评估：若双方对赔偿金额存在较大争议，可以委托有资质的司法鉴定机构进行评估。评估机构会依据专业知识和相关标准，对各项损失进行详细评估和计算，出具具有法律效力的评估报告，作为确定赔偿金额的重要依据。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果土地使用权人长期未对土地进行耕种或管理，且他人耕种行为并未对土地造成实质性损害，双方可能可以通过协商，就土地的使用和收益分配达成一定协议。但这种情况并不改变赔偿款原则上应归土地合法使用权人所有的基本原则。
   • 若土地使用权存在争议，如土地权属不明或存在纠纷，那么在确定赔偿款归属前，需要先解决土地权属问题。这可能需要通过法律途径，如诉讼或仲裁，来明确土地的使用权归属。

法律建议：

• 在发现土地被他人非法耕种后，土地使用权人应及时收集证据，如照片、视频、证人证言等，以证明侵权行为的存在和损失情况。
• 尝试与侵权人进行协商，寻求和解，以快速解决问题并减少损失。
• 如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

可能涉及的法律后果：

• 如果侵权人拒绝承担赔偿责任，土地使用权人可以通过法律途径追究其法律责任，要求其承担赔偿损失等民事责任。
• 在极端情况下，如果侵权行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，侵权人还可能面临刑事责任的追究。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。