当员工在同一家公司发生两次工伤时，赔偿问题确实需要细致且全面的处理。以下是对这一问题的详细解答：
一、核心原则
在同一家公司发生两次工伤，赔偿的核心原则是分别认定、分别鉴定、分别赔偿。即每次工伤都需要单独进行认定和鉴定，根据各自的伤残等级和法律规定来确定赔偿项目和金额。
二、工伤认定与劳动能力鉴定
工伤认定：
- 每次工伤发生后，都应在规定时间内（通常是事故发生之日起1年内）向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 申请时需提供医疗诊断证明、事故见证人笔录、工作记录等相关材料。
劳动能力鉴定：
- 工伤认定后，若伤情相对稳定且存在残疾、影响劳动能力，应进行劳动能力鉴定。
- 鉴定由设区的市级劳动能力鉴定委员会负责，需提供相关资料并等待鉴定结果。
- 两次工伤一般需分别进行劳动能力鉴定，以确定不同的伤残等级。
三、赔偿项目与标准
赔偿项目主要包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残补助金、伤残津贴、生活护理费以及一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等。具体标准如下：
医疗费用：
- 按实际支出报销，包括挂号费、检查费、治疗费等。
- 需注意区分新旧伤治疗费用的关联性，确保费用合理且必要。
停工留薪期工资：
- 工伤职工暂停工作接受治疗期间，原工资福利待遇不变。
- 由所在单位按月支付，一般不超过12个月，特殊情况可延长但不超过12个月。
伤残补助金：
- 根据伤残等级，从工伤保险基金支付一次性伤残补助金。
- 具体标准为不同伤残等级对应不同的月数乘以本人工资（如十级伤残为7个月，九级伤残为9个月等）。
伤残津贴：
- 一至六级伤残的职工，每月可从工伤保险基金获得相应伤残津贴。
- 津贴标准根据伤残等级和当地政策确定。
生活护理费：
- 生活不能自理的工伤职工，在停工留薪期需要护理的由单位负责。
- 经评定需长期护理的，从工伤保险基金按月支付生活护理费。
一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：
- 职工与用人单位解除或终止劳动关系时可能获得。
- 具体支付主体和标准依地区规定，部分地区采用“就高不就低”原则，即按较高伤残等级支付；部分地区允许分别计算但可能有限制或调整。
四、特殊注意事项
单位责任：
- 若单位未依法为员工缴纳工伤保险，则需全额承担赔偿责任，包括医疗费、护理费、伤残津贴等全部法定项目。
民事索赔：
- 若工伤由第三方侵权导致，员工可主张双重赔偿（即工伤赔偿与人身损害赔偿）。
- 但医疗费等直接损失不得重复受偿，需根据实际情况进行合理分配。
程序衔接：
- 劳动仲裁时效为1年，员工需在规定时间内提出仲裁申请。
- 在处理工伤赔偿时，可同时主张工伤赔偿与人身损害赔偿（如适用），但需注意程序衔接和证据收集。
五、举例说明
假设某员工在同一家公司先后遭遇两次工伤，第一次被鉴定为十级伤残，第二次被鉴定为九级伤残。且所在地区规定一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金按照“就高不就低”原则处理。则：
- 该员工可获得两次一次性伤残补助金，分别为7个月和9个月的本人工资。
- 当该员工与公司解除劳动关系时，按九级伤残的标准支付一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金，不再支付十级伤残对应的该项赔偿。
六、建议
在实际操作中，由于工伤赔偿涉及法律程序和专业知识较多，建议员工在遭遇工伤后及时咨询当地的社会保险行政部门或专业律师以获取准确信息。同时，保留好相关证据和材料以便后续维权使用。