当加班证据掌握在公司手中时，您可以通过以下途径来维护自己的合法权益，核心结论是您可以通过主动收集间接证据、申请劳动仲裁时要求公司提供证据、向劳动监察部门投诉等方式来证明加班事实。具体分析如下：

1. 主动收集间接证据：

   • 虽然直接的加班记录（如打卡记录、加班审批单等）可能由公司掌握，但您可以积极收集其他能够间接证明加班事实的证据。例如，您的工作邮件往来记录，显示在非工作时间仍在处理工作事务；与同事的聊天记录，提及加班情况或同事可以证明您加班；工作成果提交记录，显示在休息日或下班后提交了工作成果等。
   • 这些间接证据虽然不如直接证据直观，但在劳动争议仲裁或诉讼中，如果能够形成完整的证据链，同样可以证明您的加班事实。

2. 申请劳动仲裁时要求公司提供证据：

   • 根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，在劳动争议仲裁过程中，与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
   • 因此，在申请劳动仲裁时，您可以明确要求公司提供您的加班记录等相关证据。如果公司拒绝提供或无法提供，仲裁庭可能会根据您提供的间接证据以及其他相关情况，认定您的加班事实存在。

3. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果您认为公司存在未支付加班费等违法行为，还可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司提供相关证据。
   • 在投诉过程中，您需要提供尽可能详细的加班情况说明以及您已经收集到的相关证据。劳动监察部门在调查后，如果确认公司存在违法行为，会依法进行处理，并可能要求公司支付您应得的加班费。

在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。如果您在收集证据或申请劳动仲裁过程中遇到任何困难或疑问，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供有针对性的法律建议。