结论：在利害关系人提出撤销登记申请后，若受理时间超过三个工作日，确实可能构成程序违法，但具体是否违法还需结合相关法律法规及实际情况进行综合判断。

分析说明：

1. 程序规定的重要性：

   • 在行政程序中，受理时间的规定是确保行政效率、保障当事人权益的重要一环。若受理时间超过法定或规定期限，可能构成程序违法，影响行政行为的合法性和有效性。

2. 超期受理的可能后果：

   • 程序违法：如果相关法律法规或规章明确规定了撤销登记申请的受理期限，且该期限为三个工作日或更短，那么超期受理就构成了程序违法。
   • 影响行政行为效力：程序违法可能导致行政行为被撤销或确认无效，从而影响相关当事人的权益。例如，如果撤销登记申请因超期受理而被视为未受理，那么原登记可能继续有效，这可能对利害关系人造成不利影响。

3. 具体判断因素：

   • 法律法规规定：首先需要查阅相关法律法规或规章，确认撤销登记申请的受理期限是否为三个工作日或更短。
   • 实际情况：即使法律法规规定了受理期限，也需要考虑实际情况中的特殊因素，如不可抗力、系统故障等，这些因素可能导致受理时间延长。
   • 行政机关的解释：如果行政机关对超期受理有合理解释，且该解释符合法律法规的精神和原则，那么可能不构成程序违法。

4. 法律建议：

   • 查阅相关法律法规：利害关系人应首先查阅相关法律法规或规章，确认撤销登记申请的受理期限。
   • 与行政机关沟通：如果发现受理时间超期，利害关系人可以与行政机关沟通，了解超期的原因和行政机关的解释。
   • 寻求法律救济：如果认为行政机关的行为构成程序违法，且影响了自己的权益，利害关系人可以依法寻求法律救济，如申请行政复议或提起行政诉讼。

举例说明：

假设某法律法规明确规定，撤销登记申请应在利害关系人提出申请后三个工作日内受理。若行政机关在第五个工作日才受理该申请，且没有合理解释或不可抗力等因素，那么该行为就构成了程序违法。利害关系人可以据此向行政机关提出异议，或依法申请行政复议或提起行政诉讼。

后续行动建议：

如果您遇到了撤销登记申请受理时间超期的情况，建议您首先查阅相关法律法规或规章，确认受理期限。然后，与行政机关沟通了解超期的原因。如果认为行政机关的行为构成程序违法且影响了您的权益，您可以考虑依法寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。