作者与公司签署的版权归属协议，在符合法律规定且双方意思表示真实的情况下，是有效的。以下从不同角度为你详细分析：
协议有效的法律基础
根据《中华人民共和国著作权法》第十九条规定：“受委托创作的作品，著作权的归属由委托人和受托人通过合同约定。合同未作明确约定或者没有订立合同的，著作权属于受托人。” 这表明，作者与公司作为委托创作的双方，完全可以通过签署版权归属协议来明确著作权的归属，只要该协议不违反法律的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。
协议有效的具体条件
- 双方意思表示真实：协议必须是作者与公司双方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等情形。例如，如果公司以威胁作者如果不签署协议就解除其劳动合同等手段迫使作者签署，那么该协议可能因意思表示不真实而被认定为无效。
- 协议内容合法：协议内容不得违反法律的强制性规定，不得损害国家、集体或第三人的利益。比如，协议中不能约定将国家禁止流通、限制流通的作品版权归属为公司所有，这样的约定是无效的。
- 协议形式合法：虽然版权归属协议不一定必须采用书面形式，但为了更好地证明双方的权利义务关系，避免纠纷，建议采用书面形式。如果涉及重要作品或金额较大的版权交易，书面协议更是必不可少的。
协议可能无效的情形
- 无民事行为能力人签署：如果作者或公司代表是无民事行为能力人（如未成年人、不能辨认自己行为的精神病人等），那么他们签署的版权归属协议是无效的。因为无民事行为能力人无法独立进行民事法律行为，其签署的协议需要由其法定代理人代理或追认后才有效。
- 恶意串通损害他人利益：如果作者与公司恶意串通，通过签署版权归属协议来损害第三人的利益，如其他作者的合法权益、消费者的利益等，那么该协议也是无效的。
- 以合法形式掩盖非法目的：如果双方签署协议的目的是为了逃避法律责任、偷税漏税等非法目的，那么该协议同样无效。
实际案例参考
假设有一位作家与公司签署了一份版权归属协议，约定作家为公司创作一部小说，小说的版权归公司所有。在协议签署后，作家按照约定完成了小说创作，但公司却以各种理由拒绝支付报酬，并声称协议无效。在这种情况下，如果作家能够证明协议是双方真实意愿的表达，且内容合法、形式合法，那么该协议就是有效的。作家有权要求公司按照协议约定支付报酬，并承担违约责任。
建议
- 在签署协议前仔细阅读条款：作者在签署版权归属协议前，应仔细阅读协议条款，确保自己完全理解并同意协议内容。如有疑问或不确定之处，应及时向专业律师咨询。
- 保留相关证据：作者应保留与创作相关的所有证据，如创作草稿、修改记录、与公司的沟通记录等。这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用。
- 及时维权：如果作者发现公司存在违约行为或侵犯自己权益的行为，应及时采取措施维权，如与公司协商、向相关部门投诉或提起诉讼等。
如果你在版权归属协议方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。