结论：合同约定所有工程材料需要13%专用发票是否合理，需结合交易主体、业务实质、合同目的及税法规定综合判断，以下分情况说明：

1. 若交易主体均为一般纳税人，且业务真实发生
   根据《增值税暂行条例》及营改增政策，一般纳税人销售货物或提供应税劳务，可自行开具13%税率的增值税专用发票（如工程材料属于货物销售）。此时合同约定13%专票具有合理性，既符合税法要求，也能保障购货方（如建筑企业）的进项税额抵扣权益。但需注意：

   • 合同应明确材料的具体名称、规格、税率等，避免因“笼统约定”导致发票内容与实际不符；
     
   • 卖方需具备一般纳税人资格，否则无法开具专票，合同条款可能因无法履行而无效。

2. 若交易中存在小规模纳税人或免税业务

   • 小规模纳税人通常只能开具3%征收率的普通发票（或代开专票），若合同强制要求13%专票，则卖方无法履行，可能引发违约纠纷；
     
   • 若材料属于免税项目（如农产品、古旧图书等），按税法规定不得开具专票，合同约定13%专票属于无效条款。
     建议：合同中应设置“税率调整条款”，明确若因政策变化或卖方资质导致税率变化，双方按实际税率结算，避免争议。

3. 若合同目的为“虚开发票”或逃避税收
   若双方约定13%专票的目的是通过“高开低走”（如实际交易金额低于发票金额）虚增进项税额、少缴税款，则该条款因违反《税收征收管理法》《发票管理办法》中“虚开发票”的规定而无效，且可能面临税务处罚甚至刑事责任。
   提醒：合法合规的发票开具需满足“三流一致”（资金流、货物流、发票流），任何试图通过合同掩盖非法目的的行为均不可取。

实务建议：

• 签订合同前，核实卖方的纳税人身份及开票资质，可通过税务机关官网查询其增值税一般纳税人登记信息；
  
• 在合同中明确发票类型、税率、开具时间及违约责任（如“若卖方未按约定提供专票，需按发票金额的X%赔偿买方损失”）；
  
• 若涉及跨税目交易（如部分材料适用13%，部分适用9%），需在合同中分项列明，避免“一刀切”约定。
  

如有进一步疑问（如具体合同条款审核、税务风险防范），可直接向我咨询。