综合执法部门是否有权管理农民平整土地的行为，需分情况讨论，具体如下：

1. 若平整土地行为符合土地利用规划且手续完备
   根据《土地管理法》第四条，国家实行土地用途管制制度，农民在符合土地利用总体规划、取得合法审批手续（如建设用地审批、农业结构调整备案等）的前提下平整土地，属于合法使用土地的行为。此时综合执法部门无权干预，但可提供合规指导。

2. 若平整土地行为涉及违法情形
   综合执法部门有权依法查处，常见情形包括：

   • 未批先建：未经批准擅自改变土地用途（如将耕地转为建设用地），违反《土地管理法》第四十四条，可能面临责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、罚款等处罚。
     
   • 破坏耕地：在基本农田上挖塘养鱼、建房等行为，违反《基本农田保护条例》第十七条，可能被责令限期改正、恢复原状，并处以罚款。
     
   • 污染土地：平整过程中造成土壤污染（如倾倒废弃物），违反《土壤污染防治法》第七十七条，需承担修复责任及行政处罚。
     

3. 综合执法部门的职权依据
   根据《行政处罚法》第十八条，综合执法部门可集中行使自然资源、农业农村等部门的行政处罚权。若地方通过“三定方案”或授权文件明确其土地管理执法职责，则其有权对违法平整土地行为进行查处。

建议：

• 农民在平整土地前，应先确认土地性质（如是否为基本农田）、用途是否符合规划，并依法办理审批手续。
  
• 若对执法行为有异议，可要求执法部门出示执法依据，或通过行政复议、诉讼等途径维权。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合地方性法规为您详细分析。