您好，针对您提出的“不知道男方是谁，监护权是否可以通过诉讼确认女方”的问题，这实际上涉及到了监护权纠纷的处理，尤其是在婚姻关系存续期间但双方已实际分居的情况下。以下是我根据相关法律和指导性案例为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，父母是未成年子女的法定监护人，双方平等享有对未成年子女抚养、教育和保护的权利。这是基于《中华人民共和国民法典》第一千零五十八条的规定。因此，在正常情况下，父母双方都有权行使监护权。

然而，在您所描述的情境中，可能存在一些特殊情况，比如双方分居，且可能存在对子女抚养权的争议。在这种情况下，如果一方（如女方）认为另一方（或另一方的近亲属）的行为侵害了其因履行监护职责所产生的权利，比如擅自带走未成年子女并拒绝另一方探望，那么女方完全有权通过诉讼来维护自己的权益。

以指导性案例228号“张某诉李某、刘某监护权纠纷案”为例，该案中张某与李某在婚姻关系存续期间分居，李某及其母亲擅自将尚在哺乳期的孩子带走，并拒绝张某探望。张某遂提起监护权纠纷诉讼，最终法院判决孩子暂由张某直接抚养，并明确了李某的探望权以及张某的协助配合义务。

这个案例告诉我们，在婚姻关系存续期间，如果双方分居且存在监护权争议，法院可以参照适用民法典关于离婚后子女抚养的有关规定，暂时确定未成年子女的抚养事宜。同时，法院在判决时会遵循“最有利于被监护人”的原则，确保未成年子女的身心健康和成长环境。

因此，针对您的问题，即使不知道男方是谁（这里可能指的是男方身份不明确或存在争议，但在实际法律程序中，身份通常是需要明确的），如果女方认为自己的监护权受到了侵害，完全可以通过诉讼来寻求法律保护。法院会根据具体情况，包括未成年子女的年龄、健康状况、成长环境等因素，来作出最有利于被监护人的判决。

最后，我建议您在提起诉讼前，尽量收集相关证据，比如与子女的亲密照片、视频、聊天记录等，以证明您与子女之间的亲密关系以及您作为监护人的合适性。同时，也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。