结论：针对您提出的“合同取消，我司开出的商业承兑收款人已背书退回，我司怎么作废”的问题，作废商业承兑汇票通常涉及一系列法律和操作步骤，以下是从不同角度给出的详细解答。

一、商业承兑汇票作废的法律基础

商业承兑汇票一旦开出，即具有法律效力，其作废并非随意可行，而是需要遵循一定的法律程序和规定。在合同取消且收款人已背书退回的情况下，作废商业承兑汇票主要涉及到票据法的相关规定。

二、作废商业承兑汇票的具体步骤

1. 确认合同取消及背书退回事实：

   • 首先，确保合同确实已经取消，且这一取消是双方协商一致或符合合同约定的解除条件。
   • 确认收款人已经将商业承兑汇票背书退回给您公司，且背书过程合法有效，没有争议。

2. 与银行沟通：

   • 联系开具商业承兑汇票的银行，说明合同取消及背书退回的情况，询问银行关于作废商业承兑汇票的具体流程和要求。
   • 根据银行的要求，准备相关证明材料，如合同取消协议、背书退回的汇票原件、公司身份证明等。

3. 办理作废手续：

   • 按照银行的要求，填写作废申请表或提供其他必要的文件。
   • 提交所有准备好的材料给银行，并等待银行审核。
   • 审核通过后，银行会办理商业承兑汇票的作废手续，并可能出具作废证明或相关文件。

三、注意事项及可能遇到的法律问题

1. 票据权利与义务：

   • 在作废商业承兑汇票前，要确保没有第三方对该汇票享有票据权利，如已贴现、质押等。
   • 如果汇票已被第三方取得并行使了票据权利，您公司可能需要与第三方协商解决，或通过法律途径维护自身权益。

2. 作废证明的效力：

   • 银行出具的作废证明是证明汇票已作废的重要文件，应妥善保管。
   • 在后续的法律纠纷或交易中，作废证明可能作为关键证据使用。

3. 法律责任与风险：

   • 如果作废过程中存在违法行为或不当操作，您公司可能面临法律责任和风险。
   • 因此，在作废商业承兑汇票时，务必遵循法律程序和规定，确保操作的合法性和有效性。

四、后续建议

1. 完善内部管理：

   • 加强公司内部对商业承兑汇票的管理和监控，确保汇票的开出、背书、作废等环节都符合法律和公司规定。
   • 建立完善的票据管理制度和流程，降低票据风险。

2. 咨询专业意见：

   • 如果在作废过程中遇到复杂或疑难问题，建议及时咨询专业律师或票据专家的意见。
   • 他们可以提供更具体、更专业的法律建议和指导，帮助您公司顺利完成作废手续。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。