结论：市场监管部门工作人员的配偶可以自行开店，但需注意避免违反相关法律法规，特别是关于公务员及其亲属从业限制的规定。

详细分析：

1. 公务员配偶的从业自由：

   • 公务员的配偶，包括市场监管部门工作人员的配偶，享有与其他公民同等的从业自由。他们有权选择从事任何合法职业，包括开店经营。

2. 公务员从业限制的相关规定：

   • 虽然公务员配偶本身不受直接的从业限制，但公务员本人需遵守《中华人民共和国公务员法》等相关法律法规中关于公务员从业限制的规定。
   • 特别是，公务员不得违反有关规定从事或者参与营利性活动，在企业或者其他营利性组织中兼任职务。这是为了防止公务员利用职权谋取私利，损害公共利益。

3. 配偶开店可能涉及的利益冲突：

   • 如果市场监管部门工作人员的配偶开店，且该店铺的经营活动与市场监管部门的职责范围有关，那么可能存在利益冲突的风险。
   • 例如，如果配偶的店铺涉及市场监管部门的监管领域，如食品、药品、特种设备等，那么市场监管部门工作人员在履行职责时可能会面临公正性和客观性的挑战。

4. 避免利益冲突的建议：

   • 市场监管部门工作人员应主动向单位报告配偶的开店情况，以便单位进行必要的审查和监督。
   • 如果存在潜在的利益冲突，工作人员应考虑回避相关监管工作，或者配偶应调整店铺的经营范围，以避免与市场监管部门的职责产生交集。

5. 法律后果：

   • 如果市场监管部门工作人员或其配偶违反相关法律法规，如利用职权谋取私利、未报告利益冲突等，可能会面临纪律处分、行政处罚甚至刑事责任。

行动建议：

• 如果您或您的配偶计划开店，且您是市场监管部门的工作人员，建议您先咨询单位的相关部门或法律顾问，了解具体的从业限制和利益冲突规避措施。
• 在开店过程中，务必遵守相关法律法规，确保经营活动的合法性和合规性。
• 如果遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。