中标后经双方约定同意，是可以更改预付款比例的。不过，这一更改需要满足一定的条件并遵循相应的法律程序，以下从不同角度为你详细分析：
法律层面
合同变更原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。这意味着，在中标后，如果双方（即招标人和中标人）就预付款比例的变更达成了一致意见，并且这种变更不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种变更是有效的。
书面形式要求：
- 虽然法律并未明确规定合同变更必须采用书面形式，但考虑到中标合同通常涉及较大的经济利益和复杂的权利义务关系，建议双方采用书面形式来确认预付款比例的变更。这样不仅可以避免口头协议可能带来的争议和误解，还可以在发生纠纷时提供有力的证据。
实际操作层面
协商过程：
- 双方应就预付款比例的变更进行充分的协商，明确变更的原因、目的、具体比例以及变更后的权利义务关系等。在协商过程中，双方应保持诚信和公平原则，确保变更内容符合双方的利益和需求。
合同修订：
- 在协商一致后，双方应对原中标合同进行修订，明确将预付款比例更改为新的比例，并签署修订后的合同或补充协议。修订后的合同或补充协议应作为原合同的组成部分，具有同等的法律效力。
履行变更后的合同：
- 双方应按照修订后的合同或补充协议履行各自的义务。招标人应按照新的预付款比例支付预付款，中标人则应按照合同约定完成相应的工程或提供相应的服务。
风险提示
变更的合法性：
- 双方在变更预付款比例时，应确保变更内容不违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果变更后的预付款比例过低，可能导致中标人无法正常履行合同义务，从而构成违约或违法。
变更的合理性：
- 双方在变更预付款比例时，应考虑变更的合理性。如果变更后的比例对一方明显不利，可能导致合同的不公平或显失公平，从而引发纠纷。
证据保留：
- 双方在变更预付款比例时，应保留好相关的协商记录、修订后的合同或补充协议等证据。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
建议：在中标后变更预付款比例时，双方应谨慎对待，确保变更内容合法、合理，并采用书面形式进行确认。如果双方对变更内容存在争议或无法达成一致意见，可以寻求专业的法律咨询或调解机构的帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。