结论：企业被查时，实际责任人的确定并非仅由法人代表承担，而是需根据具体情况，结合法律规定和实际行为来判断。以下从多个角度进行详细分析：
法人代表的责任：
- 法定责任：法人代表作为企业的法律代表人，在法律上承担一定的责任。但这并不意味着所有责任都自动归咎于法人代表。法人代表的责任主要限于其职务行为，即代表企业行使职权时所产生的法律责任。
- 例外情况：如果法人代表能够证明其并未参与或不知情相关违法行为，或者违法行为是由其他员工或管理层独立实施的，那么法人代表可能不承担直接责任。但法人代表有义务确保企业合规经营，若因疏忽或管理不善导致企业违法，仍可能承担一定的管理责任。
实际控制人的责任：
- 定义与识别：实际控制人是指虽不是企业的股东或法人代表，但通过投资关系、协议或者其他安排，能够实际支配企业行为的人。在实际操作中，实际控制人往往对企业的经营决策具有重大影响。
- 责任承担：如果企业被查发现违法行为，且该行为与实际控制人的决策或指示有关，那么实际控制人可能需要承担相应的法律责任。这包括但不限于行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
其他相关人员的责任：
- 直接责任人员：如果违法行为是由企业内的特定员工或管理层直接实施的，那么这些人员将承担直接责任。这包括但不限于违反法律法规、内部规章制度或职业道德的行为。
- 连带责任：在某些情况下，如果其他人员对违法行为的发生存在过错或疏忽，如未履行监督职责、未及时发现并制止违法行为等，他们也可能需要承担一定的连带责任。
法律建议与后果：
- 合规经营：企业应确保合规经营，建立健全的内部管理制度和风险控制机制，以降低违法风险。
- 及时应对：一旦企业被查，应积极配合调查，及时提供相关证据和信息，以减轻或避免法律责任。
- 法律后果：根据违法行为的性质和严重程度，企业及相关责任人员可能面临行政处罚（如罚款、吊销执照等）、民事赔偿（如赔偿受害者损失）甚至刑事责任（如有期徒刑、罚金等）。
进一步思考：在实际操作中，企业被查时的责任划分往往比较复杂，涉及多个因素和法律条款。因此，如果企业面临此类情况，建议及时咨询专业律师，以便更准确地判断责任归属并制定相应的应对策略。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答和帮助。