当员工向劳动仲裁机构起诉公司时，公司可以采取以下策略积极应对，以维护自身合法权益：

1. 及时收集并整理证据材料
   公司应第一时间梳理与争议相关的所有证据，包括但不限于劳动合同、考勤记录、工资发放凭证、绩效考核表、员工手册及签收记录、解除劳动合同通知书（如有）、沟通记录（如邮件、微信等）等。证据的完整性和真实性是仲裁胜诉的关键，需确保材料能清晰证明公司主张的合法性。

2. 分析争议焦点，制定应对策略
   根据员工提出的仲裁请求（如未签合同双倍工资、加班费、违法解除赔偿等），公司需结合证据逐一分析争议焦点。例如：

• 若员工主张未签合同双倍工资，公司需核查是否已签订书面合同，或是否存在员工拒绝签订、合同遗失等特殊情形；
  
• 若员工主张违法解除，公司需证明解除依据（如严重违纪、不能胜任工作等）符合法律规定及公司制度，且程序合法（如提前通知、征求工会意见等）。
  

1. 积极应诉，提交书面答辩意见
   公司需在收到仲裁通知后，按照规定时间提交书面答辩状，明确反驳员工的请求及理由，并附上相关证据。答辩状应逻辑清晰、重点突出，避免模糊表述或情绪化内容。

2. 参与庭审，充分陈述观点
   庭审中，公司代表（或律师）需围绕争议焦点进行陈述，回答仲裁员提问，并对员工提交的证据进行质证（如质疑真实性、关联性或合法性）。若员工存在虚假陈述或证据造假，公司可当场提出异议并要求仲裁机构核查。

3. 考虑调解或和解的可能性
   若争议事实存在一定模糊性，或仲裁结果可能对公司产生不利影响，公司可主动提出调解或和解。通过协商达成双方都能接受的方案（如支付部分补偿、调整工作岗位等），既能节省时间成本，也能避免仲裁记录对公司声誉的潜在影响。

4. 关注仲裁程序合法性，必要时提出异议
   若仲裁机构存在程序违法（如超期未裁决、未依法送达文书等），公司可在规定时间内提出管辖异议或申请撤销仲裁裁决，维护自身程序权利。

温馨提示：劳动仲裁案件具有较强的专业性，公司若缺乏经验，建议委托律师代理，以确保应诉策略的科学性和证据的充分性。如有具体案件细节需要进一步分析，可随时向我咨询。