核心结论：政府项目审计中若发现公司临时用地手续未办理，可补办手续，但需承担相应法律责任，包括可能被罚款。具体处理方式及罚款情况需结合实际情况判断。

1. 关于临时用地手续的补办

• 补办可能性：根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，未办理临时用地手续而使用土地的，属于违法行为。但违法行为发生后，若符合土地利用总体规划和临时用地条件，且未造成严重后果的，通常可以补办临时用地手续。补办时需向当地自然资源主管部门提交申请，说明未及时办理的原因，并承诺遵守相关法律法规。
• 补办流程：补办流程一般包括提交申请、审核材料、现场勘查、批准决定等环节。具体流程可能因地区而异，需根据当地自然资源主管部门的要求进行。

2. 关于罚款情况

• 罚款依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。对于临时用地未办理手续的情况，虽未直接规定罚款数额，但通常会根据违法情节的轻重，参照类似违法行为的罚款标准进行处罚。
• 罚款因素：罚款的具体数额通常由县级以上人民政府自然资源主管部门根据违法情节的轻重、违法所得的多少、对土地资源的破坏程度等因素决定。一般来说，违法情节越严重、违法所得越多、对土地资源破坏越大的，罚款数额也会相应越高。

3. 建议与措施

• 及时补办：一旦发现临时用地手续未办理，应立即停止违法行为，并尽快向当地自然资源主管部门提交补办申请，以减少可能的法律风险和损失。
• 配合调查：在补办过程中，应积极配合自然资源主管部门的调查和审核工作，提供真实、完整的材料和信息。
• 加强合规管理：未来在类似项目中，应加强合规管理，确保所有用地手续都依法办理，避免类似问题的再次发生。

4. 特殊情况处理

• 历史遗留问题：若临时用地手续未办理是由于历史遗留问题导致的，如政策变化、规划调整等，可向自然资源主管部门说明情况，寻求特殊处理或政策支持。
• 争议解决：若与自然资源主管部门在补办手续或罚款问题上存在争议，可通过行政复议或行政诉讼等法律途径解决。