结论前置：发生交通事故后被撞人跑了，过几天又立案是合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律背景与规定

在交通事故处理中，肇事逃逸是一种严重的违法行为。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，发生交通事故后当事人逃逸的，逃逸的当事人承担全部责任。同时，对于逃逸行为，公安机关交通管理部门有权依法进行调查和处理，包括立案侦查。

立案的合法性

1. 立案时间：法律并未规定交通事故立案必须在事故发生的当时或短时间内进行。只要事故存在且符合立案条件，公安机关交通管理部门可以在任何时候立案。因此，即使被撞人跑了几天后，只要公安机关交通管理部门发现了事故线索或接到了相关报案，仍然可以依法立案。
2. 立案条件：立案通常需要满足一定的条件，如事故确实发生、存在逃逸行为、有明确的嫌疑人或线索等。只要这些条件得到满足，公安机关交通管理部门就有权立案侦查。

可能的法律后果

1. 对肇事者的处罚：如果肇事者被抓获并证实存在逃逸行为，将面临严厉的处罚，包括罚款、拘留甚至刑事责任。具体处罚力度取决于事故的严重程度、逃逸行为的恶劣程度以及肇事者的主观故意等因素。
2. 对被撞人的权益保护：即使被撞人最初离开了事故现场，但只要其后续提供了相关证据或线索，仍然有权要求肇事者承担赔偿责任。公安机关交通管理部门的立案侦查也有助于查明事故真相，保护被撞人的合法权益。

实际操作建议

1. 及时报案：如果发生交通事故后对方逃逸，应立即向公安机关交通管理部门报案，并提供尽可能详细的事故信息和线索。
2. 保留证据：尽可能保留与事故相关的证据，如现场照片、视频、证人证言等。这些证据将有助于公安机关交通管理部门查明事故真相和立案侦查。
3. 配合调查：在公安机关交通管理部门进行调查时，应积极配合并提供必要的协助。这有助于加快案件处理进度并保护自己的合法权益。

总结与启示：发生交通事故后被撞人跑了，过几天又立案是合法的。关键在于事故是否确实发生、是否存在逃逸行为以及是否满足立案条件。如果你或他人遇到类似情况，建议及时报案并保留相关证据，以便公安机关交通管理部门能够依法处理并保护你的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。