施工单位垫资建设工程项目并非绝对违反规定，但其合法性及可能涉及的问题需根据具体情况来判断。以下从多个角度为您详细分析：

1. 垫资行为的合法性基础

   • 在我国法律体系中，并没有全面禁止施工单位垫资建设工程项目。实际上，在建筑市场的实际操作中，施工单位基于与建设单位之间的建设工程施工合同中的约定，先行垫付部分工程款的情况相当普遍。这种垫资行为的合法性，首先建立在双方有明确且合法的约定基础之上。如果双方合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么垫资行为通常是合法的。

2. 农民工工资支付保障的特殊规定

   • 为了保障农民工的工资权益，国家出台了《保障农民工工资支付条例》等相关法规。这些法规要求建设单位与施工总承包单位在订立书面工程施工合同时，应明确工程款计量周期、进度结算办法及人工费用拨付周期，并确保人工费用拨付周期不超过1个月。这一规定旨在防止因施工单位垫资而导致农民工工资拖欠的问题。因此，如果施工单位垫资行为影响了农民工工资的按时支付，那么这种行为可能面临法律风险。

3. 政府投资项目的特殊限制

   • 对于政府投资项目，相关部门出台了规范性文件，对施工单位垫资承包进行了限制。这类项目通常禁止施工单位带资承包，以防止出现财政风险和拖欠工程款等不良后果。因此，在政府投资项目中，施工单位应特别注意遵守相关规定，避免违规垫资行为带来的法律风险。如果违反这些规定，施工单位可能面临行政处罚或法律责任。

4. 垫资行为的合法性判断因素

   • 在具体操作中，判断施工单位垫资行为的合法性还需考虑以下因素：
     • 双方约定：双方是否有明确且合法的约定是判断垫资行为合法性的首要条件。如果双方没有约定或约定违法（如利息过高、还款期限过长等），则垫资行为可能面临法律风险。
     • 工程需要：垫资行为是否出于工程顺利进行的需要。如果施工单位为了工程的顺利进行而暂时垫付资金，并且后续能够从建设单位处获得相应的款项，这样的垫资行为通常是合理的。
     • 法律法规：垫资行为是否违反相关法律法规的强制性规定。除了双方约定外，施工单位还需确保垫资行为不违反国家法律法规的强制性规定，否则将可能面临法律制裁。

建议与风险提示：

• 施工单位在垫资前应仔细审查与建设单位的合同条款，确保双方约定合法且明确。
• 施工单位应密切关注农民工工资的支付情况，确保垫资行为不影响农民工工资的按时支付。
• 对于政府投资项目，施工单位应特别注意遵守相关规定，避免违规垫资行为带来的法律风险。
• 如果施工单位对垫资行为的合法性存在疑问或担忧，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律意见。

总之，施工单位垫资建设工程项目并非绝对违反规定，但需根据具体情况来判断其合法性。在实际操作中，施工单位应谨慎行事，确保自身权益得到妥善保护。