核心结论：员工旷工3天，用人单位可依据合法有效的规章制度进行处理，处理方式通常包括警告、扣发工资、解除劳动合同等，但需确保规章制度制定程序合法且内容合理，否则可能面临违法解除劳动合同等法律风险。以下从不同角度展开说明：

1. 用人单位有合法有效规章制度的情况

   • 处理依据：根据《劳动合同法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
   • 处理方式：若用人单位的规章制度中明确规定了旷工的处理方式，如旷工3天属于严重违反规章制度的行为，用人单位可以据此解除劳动合同，且无需支付经济补偿。同时，用人单位还可以根据规章制度的规定，对旷工员工进行警告、扣发工资等处理。例如，规章制度规定旷工1天扣发当天工资，旷工3天则扣发3天工资，并给予书面警告；若累计旷工达到一定天数（如5天）则解除劳动合同，那么对于旷工3天的员工，用人单位可以扣发工资并给予警告。

2. 用人单位没有合法有效规章制度的情况

   • 处理限制：如果用人单位没有合法有效的规章制度对旷工行为进行规范，那么用人单位不能直接以旷工3天为由解除劳动合同。因为根据《劳动合同法》第三十九条，用人单位单方解除劳动合同需要有明确的法律依据或符合法定情形，而严重违反用人单位规章制度是其中一种法定情形。在没有规章制度的情况下，用人单位解除劳动合同可能缺乏合法依据，属于违法解除。
   • 建议处理方式：在这种情况下，用人单位可以先与员工进行沟通，了解旷工原因，尝试通过协商解决问题。如果员工无正当理由旷工，用人单位可以要求员工返岗工作，并告知其旷工可能带来的后果。同时，用人单位应尽快制定合法有效的规章制度，明确旷工等违纪行为的处理方式，以规范今后的用工管理。

3. 特殊情况下的处理

   • 医疗期等情况：如果员工处于医疗期、女职工孕期、产期、哺乳期等特殊期间，用人单位需要更加谨慎处理旷工问题。例如，员工因患病在医疗期内，即使旷工，用人单位也不能随意解除劳动合同，而应按照相关规定给予医疗期待遇。只有在员工严重违反用人单位规章制度且符合法定解除条件时，用人单位才能解除劳动合同。
   • 不可抗力等因素：如果员工旷工是由于不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）或其他正当理由导致的，用人单位应根据实际情况进行处理，不宜直接按照旷工处理。例如，员工因突发疾病无法及时请假而旷工，用人单位可以要求员工提供相关证明材料，并根据情况进行补假或酌情处理。