结论前置：母公司员工代理子公司案件是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断。在符合法律法规、公司章程及内部授权的前提下，母公司员工代理子公司案件是合法的；但若存在未经授权、利益冲突或违反法律法规等情形，则可能违法。

合法的情况

1. 获得子公司明确授权

   • 情形：若母公司员工获得了子公司的明确授权，如通过子公司董事会决议、股东会决议或书面授权书等形式，被正式委托代表子公司处理特定案件，那么该代理行为是合法的。
   • 依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于代理的规定，代理人需在代理权限内以被代理人的名义实施民事法律行为，对被代理人发生效力。在此情况下，母公司员工作为代理人，其代理行为对子公司产生法律效力。

2. 符合公司章程及内部管理规定

   • 情形：若母公司与子公司之间的关联关系、管理架构等在公司章程或内部管理规定中有明确规定，且母公司员工代理子公司案件的行为符合这些规定，那么该代理行为也是合法的。
   • 依据：公司章程是公司的“宪法”，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。若公司章程或内部管理规定允许母公司员工在特定情况下代理子公司案件，那么该行为即具有合法性。

3. 不存在利益冲突

   • 情形：若母公司员工代理子公司案件时，不存在与子公司或案件相关的利益冲突，如没有同时代表与子公司有利益冲突的第三方参与案件，那么该代理行为也是合法的。
   • 依据：利益冲突是法律职业中的一大禁忌，它可能导致代理人的忠诚义务受到损害，从而损害被代理人的利益。在不存在利益冲突的情况下，母公司员工的代理行为不会损害子公司的利益，因此是合法的。

违法的情况

1. 未经子公司授权

   • 情形：若母公司员工未经子公司明确授权，擅自以子公司的名义参与案件处理，如签署法律文件、出庭应诉等，那么该代理行为是违法的。
   • 后果：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无权代理行为未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。在此情况下，母公司员工可能需承担因无权代理而给子公司造成的损失赔偿责任。

2. 存在利益冲突

   • 情形：若母公司员工在代理子公司案件时，存在与子公司或案件相关的利益冲突，如同时代表与子公司有利益冲突的第三方参与案件，那么该代理行为也是违法的。
   • 后果：利益冲突可能导致代理人的忠诚义务受到损害，从而损害被代理人的利益。在此情况下，母公司员工可能需承担因违反忠诚义务而给子公司造成的损失赔偿责任，甚至可能面临法律制裁。

3. 违反法律法规或公司章程

   • 情形：若母公司员工代理子公司案件的行为违反了相关法律法规或公司章程的规定，如未经批准擅自代理、超越代理权限代理等，那么该代理行为也是违法的。
   • 后果：根据具体违法情形和法律法规的规定，母公司员工可能需承担行政责任、民事责任甚至刑事责任。

法律建议：为避免潜在的法律风险，母公司员工在代理子公司案件前，应确保获得子公司的明确授权，并仔细审查公司章程及内部管理规定，确保代理行为符合相关规定。同时，应避免存在与子公司或案件相关的利益冲突，以维护子公司的利益。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。