关于征拆中协议份数及签署方的问题，结论前置如下：
征拆协议的份数并非固定，但通常会有多份以保障各方权益。您提到的六份协议，可能是根据具体拆迁项目、涉及方数量及当地政策要求来确定的。
签署多份协议并非村民自治行为，而是拆迁程序中的常规操作。区自然资源局作为拆迁的监管或执行部门之一，参与协议签署是履行其职责的一部分。
详细解释与分析：
协议份数的确定：
- 征拆协议是拆迁方与被拆迁方（如村民）之间就拆迁补偿、安置等事项达成的书面协议。其份数通常根据拆迁项目的规模、涉及方数量以及当地政策要求来决定。
- 在实际操作中，为了保障拆迁方、被拆迁方以及可能涉及的第三方（如银行、政府部门等）的权益，协议往往会制作多份，每方各执一份或根据需要分配。
- 您提到的六份协议，可能是考虑到了拆迁方、被拆迁方、区自然资源局、可能的其他监管部门或金融机构等各方的需求。
签署多份协议与村民自治的关系：
- 村民自治是指村民通过民主选举、民主决策、民主管理、民主监督等方式，对村内公共事务和公益事业进行自我管理、自我教育、自我服务的一种基层民主制度。
- 征拆协议的签署是拆迁程序中的一部分，其份数和签署方通常由拆迁政策、法规以及当地政府的规定来决定，并非由村民自治组织单独决定。
- 因此，签署多份协议并不是村民自治的行为，而是拆迁程序中的常规操作。
区自然资源局参与协议签署的原因：
- 区自然资源局作为地方政府部门，通常负责土地资源的规划、管理、监督等工作。
- 在拆迁项目中，区自然资源局可能负责拆迁的监管、审批、补偿标准的制定等工作。
- 因此，区自然资源局参与协议签署，可能是为了履行其监管职责，确保拆迁过程的合法性和合规性，以及保障被拆迁方的合法权益。
法律建议：
- 如果您对征拆协议的份数或签署方有疑问，建议首先查阅当地的拆迁政策、法规或政府文件，了解相关规定。
- 如果您认为协议内容存在不公平、不合理或违法的情况，可以及时向相关部门反映或寻求法律援助。
- 在签署协议前，务必仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。如有需要，可以请专业律师进行审查。
可能涉及的法律后果：
- 如果拆迁方或被拆迁方违反协议约定，可能需要承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
- 如果拆迁过程存在违法行为，如未依法进行审批、未按照法定程序进行拆迁等，相关责任方可能需要承担行政责任或刑事责任。
希望以上解答能够帮助您更好地理解征拆中协议份数及签署方的问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。