结论：替别人还款并通过手机银行转账至公司账户，公司是否承认该还款行为，主要取决于转账时是否备注了明确的还款信息、双方是否有书面或口头的还款协议以及公司是否实际收到并确认了该笔款项。以下从不同角度进行详细分析：
一、转账备注的重要性
明确还款意图：在进行转账时，如果备注了“替XX还款”或“XX债务还款”等明确信息，这将作为证明你替别人还款的重要证据。公司收到款项后，结合转账备注，更容易确认该笔款项的用途和来源。
减少纠纷风险：明确的转账备注可以减少双方因款项用途不明而产生的纠纷。如果公司否认收到的是还款，你可以凭借转账备注和转账记录等证据，证明你的还款行为。
二、还款协议的存在与否
书面协议：如果双方签订了书面的还款协议，明确约定了还款方式、还款账户和还款时间等条款，那么你的转账行为将更容易被公司承认。书面协议具有法律效力，可以作为双方权利义务的明确依据。
口头协议：即使没有书面协议，如果双方有口头的还款约定，并且你能够提供其他证据（如聊天记录、录音等）来证明该口头约定的存在，那么你的转账行为也可能被公司承认。但口头协议的证明力相对较弱，容易引发争议。
三、公司实际收到并确认款项
转账成功：首先，你需要确保转账已经成功到达公司的账户。可以通过手机银行的转账记录或查询公司的账户流水来确认。
公司确认：其次，你需要与公司沟通，确认公司已经收到并确认了该笔款项为还款。这可以通过电话、邮件或书面确认等方式进行。如果公司否认收到或确认该笔款项，你需要及时与公司协商解决，并保留好相关证据。
四、法律建议
保留证据：在进行转账时，务必保留好转账记录、转账备注、还款协议（如有）等相关证据。这些证据将在可能发生的纠纷中起到关键作用。
及时沟通：转账后，及时与公司沟通确认款项的收到和确认情况。如果公司有任何疑问或否认，及时提供证据进行解释和说明。
寻求法律帮助：如果与公司就还款问题产生纠纷，且无法协商解决，你可以考虑寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据你的具体情况，为你提供法律咨询和诉讼服务。
举例说明：假设你替朋友A向公司B还款1万元，通过手机银行转账至公司B的账户，并在转账备注中注明了“替A还款”。转账成功后，你及时与公司B沟通确认了款项的收到和确认情况。在这种情况下，公司B通常会承认你的还款行为。但如果公司B否认收到或确认该笔款项，你可以凭借转账记录、转账备注和与公司的沟通记录等证据，来证明你的还款行为。
后续思考：在进行替别人还款的行为时，务必确保转账信息的准确性和明确性，并保留好相关证据。如果与公司就还款问题产生纠纷，及时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。