赔偿的计算基数通常是按照应发工资来确定，而非实发工资或单纯的合同工资，但具体还需根据赔偿情形和相关法律规定来确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、经济补偿金与赔偿金（涉及劳动关系解除或终止）
计算基数：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且为应发工资，包括计时工资或计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。
特殊情况：
- 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，那么支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
- 若劳动者工作不满十二个月，则按实际工作的月数计算平均工资。
- 若月平均工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准计算。
赔偿金：
- 赔偿金为经济补偿金的二倍，适用于用人单位违法解除或终止劳动合同的情形。
二、工伤赔偿
一次性伤残补助金：
- 以本人工资为基数进行计算。这里的“本人工资”是指工伤职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前12个月平均月缴费工资。若用人单位足额缴纳社保，则缴费工资即应发工资。若缴费工资与实际工资不一致，一般按实际工资（即应发工资）计算，但有上限和下限规定。
其他费用：
- 如医疗费、停工留薪期工资、护理费、住院伙食补助费、交通食宿费等，则根据实际发生的费用进行核算。其中，停工留薪期工资同样指应发工资。
三、其他赔偿情形
未签劳动合同双倍工资差额：
- 计算基数同样按照应发工资计算，包括各项货币性收入。
加班工资：
- 计算基数通常以劳动合同约定的工资标准作为基数。如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，原则上应以实际发放的工资（即应发工资）作为计算基数。但需注意，加班工资的计算基数不得低于当地最低工资标准。
四、实际操作注意事项
- 保留证据：劳动者应保留好相关证据材料，如工资条、社保缴纳记录等，以便在需要时证明自己的应发工资情况。
- 仔细审查合同：在处理赔偿问题时，应仔细审查劳动合同的具体约定，并结合相关法律法规进行操作。
- 咨询专业意见：如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，以确保赔偿计算的准确性和合法性。
举例说明：假设某劳动者在劳动合同解除前十二个月的应发工资总额为120,000元，那么其月平均工资为10,000元。如果该劳动者在本单位工作了5年，那么其应获得的经济补偿为5个月工资，即50,000元。如果用人单位违法解除劳动合同，则需支付赔偿金100,000元。
综上所述，赔偿的计算基数通常依据应发工资来确定，这一原则在多种赔偿事项中均得到体现，并受到法律的明确保护。在处理相关问题时，应严格遵守法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。