针对您提出的“集团公司虚开发票怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、虚开发票的法律定义与后果
虚开发票，指的是在没有实际交易或服务的情况下开具发票，或者发票的金额、内容与实际交易不符。这种行为严重违反了税收法规和发票管理规定，不仅损害了国家税收利益，也破坏了市场经济秩序。对于虚开发票的行为，我国法律从行政和刑事两方面都做出了明确的规定和处理措施。
二、行政责任与处理措施
没收违法所得：税务机关将对因虚开发票而获得的非法收入进行没收。
罚款：根据虚开金额的大小，税务机关将处以相应的罚款。具体来说，虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，则并处5万元以上50万元以下罚款。罚款的具体数额将根据虚开金额的多少、情节的严重程度以及纳税人的配合态度等因素综合决定。
三、刑事责任与法律后果
如果虚开的金额较大或者情节特别严重，就可能触犯刑法，构成犯罪。此时，纳税人不仅将面临税务机关的行政处罚，还可能被追究刑事责任。具体来说：
虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪：根据《刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，将受到严厉的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、管制以及罚金等。单位犯罪的，还将对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法处罚。
虚开发票罪：根据《刑法》第二百零五条之一，虚开除增值税专用发票以外的其他发票，如果情节严重的，也将受到刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或者管制以及罚金等。情节严重的认定标准一般包括虚开发票一百份以上或者虚开金额累计在四十万元以上，或者虽未达到上述数额标准但五年内因虚开发票行为受过行政处罚二次以上又虚开发票等情形。
四、集团公司虚开发票的应对策略
立即停止违法行为：一旦发现存在虚开发票的行为，集团公司必须立即停止，以避免法律责任进一步加重。
内部调查与整改：成立专门调查小组，全面深入调查虚开发票的具体情况，包括时间、数量、金额及参与人员等。对已虚开的发票进行作废或红冲处理（如符合规定），调整账务，补缴因虚开发票而少缴的税款和滞纳金。
咨询专业人士：及时咨询专业律师或税务师，了解可能面临的法律后果，并获得专业的应对建议。他们可以帮助集团公司制定合规的整改方案，并指导如何与税务机关或司法机关进行沟通。
配合调查：如果集团公司被税务机关或司法机关调查，应按照要求及时、准确地提供相关资料，如合同、发票、账簿、凭证及银行账户信息等。相关人员应积极配合询问，如实陈述事实，不得拒绝、阻碍调查或提供虚假陈述。
争取从轻处理：利用自首、立功、坦白等法定情节，争取从轻或减轻处罚。同时，集团公司可以积极展示其整改的决心和措施，以争取税务机关或司法机关的理解和支持。
五、后续管理与预防
接受处罚：依法接受税务机关的行政处罚，并采取措施改正错误。
加强内部管理：建立完善的财务管理制度和发票管理制度，确保发票的合法性和真实性。加强对员工的培训和教育，提高他们的法律意识和合规意识。
持续法律咨询：在处理过程中及处理后，持续咨询专业律师或税务师，以确保所有操作均符合法律法规要求。同时，关注税收法规和发票管理规定的最新动态，及时调整集团公司的合规策略。
综上所述，集团公司虚开发票是一种严重的违法犯罪行为，必须严肃对待。通过立即停止违法行为、积极配合调查、主动整改、咨询专业人士以及加强内部管理等措施，可以有效减轻法律后果，并确保未来的合规运营。