结论：明知违法挂靠的工程还借款给挂靠人，借款协议的效力需分情况讨论，一般来说，借款协议本身并不因挂靠行为的违法性而直接无效，但可能因存在其他无效情形（如恶意串通损害国家、集体或第三人利益等）而被认定无效。
分析说明：
借款协议的基本效力：
- 借款协议是双方当事人意思表示一致的产物，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方具备相应的民事行为能力，协议即具有法律效力。
- 违法挂靠的工程本身并不直接导致借款协议无效。挂靠行为违法，主要影响的是挂靠人与被挂靠人之间的法律关系，以及可能涉及的行政处罚等，但并不直接决定借款协议的效力。
可能影响借款协议效力的情形：
- 恶意串通：如果出借人明知挂靠行为违法，仍与挂靠人恶意串通，以借款为名行其他非法之实（如洗钱、逃避债务等），损害国家、集体或第三人利益的，借款协议可能因恶意串通而被认定无效。
- 以合法形式掩盖非法目的：如果借款协议实际上是以合法形式掩盖非法目的（如通过借款方式转移违法所得），则协议可能因违反法律强制性规定而被认定无效。
- 其他无效情形：如借款协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，也可能导致协议无效。
实际案例中的考量因素：
- 在实际案例中，法院会综合考虑借款协议的具体内容、双方当事人的交易习惯、借款用途、资金流向等因素，来判断借款协议是否有效。
- 如果出借人能够证明其借款行为是善意的，且不知道挂靠行为违法，那么借款协议的效力可能更不容易受到质疑。
法律建议：
- 出借人角度：在出借资金前，应充分了解借款人的信用状况、借款用途及还款能力，避免与违法挂靠等存在法律风险的主体进行交易。如果明知挂靠行为违法仍出借资金，应谨慎评估法律风险，并考虑在协议中约定相应的风险防控措施。
- 借款人（挂靠人）角度：应遵守法律法规，避免进行违法挂靠等行为。如果因挂靠行为产生债务纠纷，应积极与出借人协商解决，避免纠纷升级。
- 争议解决：如果双方因借款协议产生纠纷，应首先通过协商解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分的证据证明自己的主张，以维护自身合法权益。
后续行动建议：
- 如果你作为出借人或借款人，面临此类纠纷，建议收集相关证据（如借款协议、转账记录、聊天记录等），并咨询专业律师（即我，贾永庆律师，专注于经济纠纷、债权债务领域），以便更准确地评估法律风险并制定相应的应对策略。