合同中约定加盖公章生效，但实际加盖合同章的，合同依然有效。以下从多个角度为您详细分析：

一、法律认可印章的平等地位

根据《民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。此条款明确将“盖章”作为合同成立的法定方式之一，并未区分公章与合同章的效力层级。这意味着，只要印章真实且符合企业内部管理规定，无论是公章还是合同章，在合同签署中都具有同等的证明力。

二、印章效力的实质判断标准

在司法实践中，法院审查合同印章效力的重点在于印章的真实性与使用权限。若印章经公安机关备案或企业内部授权程序确认，即使名称不同（如“XX公司公章”与“XX公司合同专用章”），其对外代表企业的效力均被认可。最高人民法院相关判例也明确指出，企业刻制多枚印章并对外使用时，应视为对各类印章效力的概括承受。

三、公章与合同章的使用场景差异

虽然公章与合同章在法律效力上平等，但它们在使用场景上存在一定差异：

1. 公章：代表企业整体意志，适用于所有需以法人名义出具的文件，如工商登记、税务申报、诉讼文书等法定文件。
2. 合同章：专用于合同签订，体现特定业务领域的授权，如购销合同、合作协议、租赁合同等业务性文件。

四、注意事项

1. 内部管理制度约束：企业需在章程或印章管理办法中明确各类印章的使用范围。例如，某企业可能将公章限定于政府报批文件，而将工程分包合同统一加盖合同章。此类约定对内具有约束力，但对外不影响印章的效力。
2. 相对方善意审查义务：交易对手应核实印章真实性，可通过全国企业信用信息公示系统查询备案印章样式。若明知对方超越印章使用权限仍签订合同，可能影响合同效力认定。
3. 电子印章的特殊要求：若采用电子签章，需确保符合《电子签名法》规定的可靠电子签名条件，包括身份认证、时间戳固定等技术措施。

五、典型案例解析

在某买卖合同纠纷案中，A公司主张B公司加盖的合同章未经公安备案，故合同无效。法院审理认为，B公司章程明确规定合同章由法务部统一管理，且双方此前三年持续使用该印章签订同类合同，A公司作为长期合作方对此知情。最终，法院判决合同有效。该案例表明，印章是否备案不影响实际效力，关键在于是否符合企业真实意思表示。

总结与建议：合同中约定加盖公章生效，但实际加盖合同章的，合同依然有效。企业在使用印章时，应明确各类印章的使用范围，并加强内部管理，确保印章的安全和合规使用。若您在合同签署或履行过程中遇到任何问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。