当双方协议约定与行政文件不一致时，其法律依据及处理原则主要基于合同的相对性、行政文件的效力以及相关法律法规的规定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 合同相对性原则：

   • 双方协议是民事主体之间基于平等、自愿原则订立的合同，其效力主要约束合同双方。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。这意味着，合同双方应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
   • 当合同约定与行政文件不一致时，首先应考虑的是合同本身的约定。如果合同条款明确、合法，且双方均无异议，那么合同条款应优先适用。

2. 行政文件的效力：

   • 行政文件是行政机关依法制定的具有普遍约束力的规范性文件。在某些情况下，行政文件可能对特定行业或领域有强制性的规定或要求。
   • 当行政文件与合同约定不一致时，需要判断行政文件的效力层级以及是否对合同双方具有直接约束力。如果行政文件具有更高的法律效力（如法律、行政法规等），且明确规定了相关事项的处理原则，那么合同双方可能需要遵循行政文件的规定。

3. 法律法规的适用：

   • 在处理双方协议与行政文件不一致的问题时，还需要考虑相关法律法规的适用。例如，《中华人民共和国民法典》中关于合同效力的规定、关于行政许可和行政处罚的规定等，都可能对问题的解决产生影响。
   • 如果合同约定违反了法律法规的强制性规定，那么该约定可能被认定为无效。此时，合同双方需要依据法律法规的规定重新协商或处理相关事宜。

4. 具体处理原则：

   • 协商优先：在合同约定与行政文件不一致的情况下，合同双方应首先尝试通过协商达成一致意见。这有助于维护双方的合作关系，并减少不必要的法律纠纷。
   • 遵循法律原则：如果协商无果，合同双方应遵循法律原则进行处理。例如，如果行政文件具有更高的法律效力且明确规定了相关事项的处理原则，那么合同双方应遵循行政文件的规定。
   • 寻求法律救济：如果合同双方无法就处理原则达成一致意见，且认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律救济。这包括向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁等。

举例说明： 假设甲乙双方签订了一份租赁合同，约定租金为每月1万元。但后来，当地政府出台了一项行政文件，规定该区域的租金不得超过每月8000元。在这种情况下，甲乙双方需要首先尝试协商调整租金。如果协商无果，且行政文件具有更高的法律效力，那么甲乙双方可能需要遵循行政文件的规定，将租金调整为每月8000元。如果甲乙双方对此有争议，可以寻求法律救济。

建议： 在签订合同时，合同双方应充分了解并考虑相关行政文件的规定，以确保合同条款的合法性和有效性。如果合同约定与行政文件不一致，合同双方应及时沟通并协商处理原则，以避免不必要的法律纠纷。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。