针对您提出的“协议书与招标文件约定不一致”的问题，这是一个在建设工程合同纠纷中较为常见且关键的问题。以下是我从法律角度给出的详细分析和建议：

1. 法律原则与规定：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。
   • 招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这意味着，如果协议书（即施工合同）与招标文件在实质性内容上存在不一致，那么这种不一致可能是不被法律所认可的。

2. 实质性内容的判断：

   • 实质性内容通常包括合同的标的、价款、质量、履行期限等关键条款。在您的案例中，如果协议书与招标文件在人工费、材料价格等关键条款上存在不一致，那么这种不一致很可能被视为实质性内容的背离。

3. 司法实践与判决：

   • 在司法实践中，对于施工合同与招投标文件不一致的情况，各地法院的判决结果并不完全统一。这主要是因为建设工程本身的复杂性以及合同履行过程中可能出现的各种问题。
   • 然而，一般来说，如果合同条款与招标文件在实质性内容上存在不一致，且这种不一致给当事方造成了巨大损失或合同条款显失公平，那么法院可能会倾向于按照招标文件来执行。

4. 建议与预防措施：

   • 招标人角度：在项目策划阶段应做足准备，明确需求，避免后期频繁变更。在编制招标文件时，应合理分配风险，拟定合同条款时应保持细微谨慎的态度，充分考虑与招标文件的一致性。同时，给投标人充分的答疑时间。
   • 投标人角度：在投标阶段应认真审查招标文件及相关的配套文件，若发现问题及时在投标答疑会提出并解决。签订合同时，应详细比对招投标文件，确保合同与招投标文件内容一致。
   • 双方共同：在合同履行过程中，应严格按照合同和招标文件的规定执行，避免出现实质性内容的背离。如果确实需要变更合同内容，应通过合法合规的程序进行，并确保变更内容不违反法律法规的规定。

5. 法律后果：

   • 如果协议书与招标文件在实质性内容上存在不一致，且这种不一致被认定为违法或无效，那么可能会导致合同部分或全部无效，给双方带来不必要的法律风险和经济损失。

综上所述，针对您提出的“协议书与招标文件约定不一致”的问题，我建议您首先审查协议书与招标文件在实质性内容上是否存在不一致，并评估这种不一致可能带来的法律风险和经济损失。如果确实存在不一致，且可能给双方带来不利影响，那么我建议您及时与对方沟通协商，寻求合法合规的解决方案。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。