结论前置：公司并非在所有情况下都有权利扣除员工工资，其扣薪行为必须严格遵循法律法规，并基于合法、合理的事由。以下是对此问题的详细分析：
一、公司有权扣除工资的法定情形
代扣代缴个人所得税：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，公司有义务代扣代缴员工的个人所得税。这是公司的法定义务，也是员工应尽的纳税义务。
代扣代缴社会保险费用：
- 包括养老保险、医疗保险、失业保险等，这是公司的另一项法定义务。公司需从员工工资中代扣代缴这些费用，以确保员工的社会保障权益。
法院判决或裁定要求代扣的抚养费、赡养费等：
- 在特定法律程序中，如离婚诉讼、赡养纠纷等，法院可能判决或裁定公司代扣员工的抚养费、赡养费等。公司需按照判决结果执行代扣。
因劳动者原因给用人单位造成经济损失的赔偿：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成损失，公司可依法要求赔偿。但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，员工违规操作导致设备损坏，造成5000元损失，且劳动合同中有赔偿约定，则公司可按规定从工资中扣除相应赔偿款。
违反公司规章制度或劳动合同的违约金：
- 如提前解除劳动合同的服务期违约金、违反竞业限制的违约金等，需符合法律规定的条件。公司需在劳动合同或规章制度中明确约定违约金条款，并确保扣款比例合理。
事假期间未提供劳动的无薪处理：
- 员工请事假期间，公司可不支付工资。工资根据实际出勤情况计算，事假未出勤则工资相应减少。例如，员工小李本月请3天事假，月工资5000元，则该月应发工资可能按（22-3）÷22×5000元计算，相比全勤会减少。
绩效挂钩的工资调整：
- 若劳动合同明确约定绩效工资与考核结果挂钩，公司可根据考核结果进行相应扣减。但需确保考核标准合理、透明，且扣款比例不超过法定限制。
二、公司无权扣除工资的情形
迟到、早退罚款：
- 除非劳动合同或规章制度有明确约定且程序合法，否则公司不得以迟到、早退为由直接罚款。公司可通过其他管理手段（如警告、扣分等）来规范员工行为。
旷工一天罚三天工资：
- 此类惩罚性扣款通常缺乏法律依据。旷工期间的工资可按无薪处理，但额外罚款无效。公司应依据实际旷工天数来计算应扣工资。
强制乐捐等变相罚款：
- 未经员工同意的强制性捐款或罚款均属违法行为。公司不得以任何形式强制员工捐款或罚款。
未完成工作任务的全额扣薪：
- 除非劳动合同明确约定任务完成与工资全额挂钩，否则公司不得以此为由全额扣发工资。公司应依据实际完成情况来计算应发工资。
怀孕女职工产检时间扣薪：
- 女职工产检时间视为正常出勤，公司应支付工资。公司不得以产检为由扣减女职工工资。
以实物代替货币工资：
- 工资应以货币形式支付，不得以实物折抵。公司应确保工资支付方式的合法性和合规性。
员工辞职扣工资：
- 员工依法辞职时，公司不得无故扣押工资。公司应在员工办理离职手续时一次性结清工资。
三、公司违法扣薪的法律后果
行政责任：劳动行政部门可责令限期支付差额，逾期加付赔偿金（应付金额50%-100%）。例如，若公司拖欠员工工资10000元，劳动行政部门可责令公司限期支付，并加付5000-10000元的赔偿金。
民事责任：员工可通过劳动仲裁或诉讼主张补发工资及经济补偿金。若公司违法扣薪导致员工经济损失，员工有权要求公司承担赔偿责任。
刑事责任：恶意欠薪数额较大或持续时间较长的，可能被追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》相关规定，公司法定代表人或直接负责的主管人员可能面临有期徒刑或拘役等刑罚。
建议：作为员工，应了解自身权益和公司扣薪的合法情形。若遇到公司违法扣薪行为，可及时与公司沟通协商或向劳动行政部门投诉举报。同时，保留好相关证据材料（如工资条、劳动合同等），以便在维权时提供有力支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。