员工离职时，可通过以下方式证明与原公司结清了所有工资：

1. 书面离职结算单：最直接且有力的证明方式是要求公司出具书面的离职结算单。这份文件应详细列明员工在公司的最后工作日、应发工资总额（包括基本工资、奖金、津贴等所有应得收入）、已发工资情况（如已发放的工资数额及发放时间）、应扣款项（如社保个人部分、个税、借款等）以及最终结算金额（即应发工资总额减去应扣款项后的余额）。员工应仔细核对结算单上的各项内容，确认无误后签字，并保留一份原件作为证据。

2. 银行转账记录：如果公司通过银行转账方式支付工资，员工可以保留离职前最后一次工资发放的银行转账记录。这份记录应显示转账金额、转账时间以及转账方（即公司账户）的信息，以证明公司已按时足额支付了工资。

3. 工资条或薪资确认单：除了离职结算单外，员工还可以保留离职前几个月的工资条或薪资确认单。这些文件应详细列明每月的工资构成、发放时间等信息，有助于员工核对离职时的工资结算情况。

4. 劳动合同及补充协议：劳动合同及任何补充协议中可能包含关于工资支付、结算等条款。员工可以仔细阅读这些文件，了解自己在离职时应享有的权益，并在必要时作为证明材料使用。

5. 沟通记录：如果员工与公司就工资结算问题有过沟通（如邮件、短信、微信等），这些沟通记录也可以作为证明材料。员工应保留这些记录，并在必要时向相关部门或机构出示。

额外建议：

• 在离职前，员工应与公司的人力资源部门或财务部门进行充分沟通，确保双方对工资结算问题达成一致意见。
• 如果员工对离职结算单上的内容有异议，应及时向公司提出并寻求解决方案。在问题得到解决前，不要轻易签字确认。
• 保留好所有与工资支付相关的证据材料，以备不时之需。如果未来发生劳动争议，这些材料将作为重要证据支持员工的诉求。