在机动车与非机动车发生交通事故且双方被认定为同等责任的情况下，赔偿问题需遵循明确的法律原则和流程。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿原则与交强险先行赔付
首先，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条，机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，应由保险公司在机动车第三者责任强制保险（即交强险）责任限额范围内予以赔偿。交强险是机动车必须购买的强制保险，其赔偿限额通常包括：
在交强险责任限额内，不区分事故责任比例，保险公司应对非机动车一方的人身伤亡、财产损失进行赔偿。
二、超出交强险赔偿限额的部分
对于超出交强险赔偿限额的部分，应由机动车和非机动车双方按照各自的责任比例进行分担。在同等责任的情况下，虽然理论上双方各承担50%的损失，但考虑到非机动车方的弱势地位，机动车一方通常会承担稍高于50%的赔偿责任，具体比例可能因地区法律法规和案件具体情况而有所不同，但一般机动车一方会承担60%左右的赔偿责任，非机动车一方承担40%左右。
三、具体赔偿项目
赔偿项目包括但不限于：
医疗费用：包括挂号费、检查费、治疗费、药费等，按实际治疗产生的费用进行赔偿。先由交强险在医疗费用赔偿限额内赔偿，超出部分按责任比例分担。
财产损失：对于车辆等财产的损失，如修理费等，先由交强险在财产损失赔偿限额内赔偿，超出部分按责任比例分担。如果非机动车方财产损失不超过2000元，这部分费用在交强险范围内赔付；超出部分，双方按责任比例分担。
伤残赔偿：如果造成非机动车方伤残，根据伤残等级计算残疾赔偿金等相关费用。先在交强险限额内赔付，超出部分由双方按责任比例分担。
其他费用：如误工费、护理费、交通费、住院伙食补助费等，也需根据实际情况和责任比例进行赔偿。这些费用同样先由交强险赔付，超出部分按责任比例分担。
四、特殊情况处理
非机动车方故意或重大过失：如果非机动车方存在故意或重大过失行为（如闯红灯、逆行），可能会减轻机动车一方的赔偿责任。但这种情况需要有充分的证据来证明非机动车方的故意或重大过失行为。
机动车未投保交强险：若机动车未投保交强险，则需在交强险责任限额范围内承担全部赔偿责任，超出部分再按照责任比例分担。
五、建议与注意事项
积极协商：在处理赔偿事宜时，双方应充分沟通、积极协商，确保赔偿的公平性和合理性。
法律途径：如果双方对赔偿事宜无法达成一致，可以通过申请交警调解或向人民法院提起民事诉讼等法律途径来解决纠纷。
全面赔偿：在具体赔偿过程中，应充分考虑双方的实际损失情况，包括误工损失、护理费用等，以确保赔偿的全面性和准确性。
举例说明：假设一起交通事故中，非机动车一方的总损失为20万元。首先，由交强险在责任限额内赔偿（如医疗费用1.8万元、伤残赔偿金10万元、财产损失0.2万元，共12万元）。超出部分（8万元）由机动车和非机动车双方按责任比例分担，假设机动车一方承担60%（即4.8万元），非机动车一方承担40%（即3.2万元）。
综上所述，机动车与非机动车在交通事故中负有同等责任时，赔偿应遵循交强险先行赔付、剩余损失按责任比例分担的原则，并适当考虑非机动车方的弱势地位给予更多保护。双方应依法依规进行赔偿，确保自身合法权益得到保障。