结论：有三甲医院证明并不意味着一定不能扣工资，是否扣工资需根据具体情况来判断，包括病假时长、公司规章制度以及相关法律法规的规定。

分析说明：

1. 病假时长与工资扣除的关系：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
   • 在医疗期内，企业不得随意解除劳动合同，并且应当按照规定支付病假工资或疾病救济费。但具体的支付标准可能因地区和公司政策而异，有的公司可能规定病假期间只支付基本工资的某个比例，或者有最低工资标准限制。
   • 如果病假时间超过了医疗期，且员工不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以解除劳动合同，此时关于工资支付的问题，则需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。

2. 公司规章制度的影响：

   • 不同公司可能有不同的病假工资支付政策。一些公司可能规定，在员工提供三甲医院证明的情况下，仍然会按照一定比例扣除工资，这通常会在公司的员工手册或劳动合同中明确。
   • 因此，即使有三甲医院证明，员工也需要了解并遵守公司的规章制度，以明确自己的权益和义务。

3. 相关法律法规的遵循：

   • 除了上述提到的《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》外，还有《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规对病假工资支付有规定。
   • 员工在享受病假期间，有权获得相应的工资支付，但具体数额和支付方式需根据法律法规和公司政策来确定。

法律建议：

• 如果您有三甲医院证明并需要请病假，首先应了解公司的病假工资支付政策，包括病假时长、工资扣除比例等。
• 同时，您也可以查阅相关的法律法规，以明确自己的权益和义务。
• 如果公司违反了相关法律法规或公司政策，无故扣除您的工资，您可以与公司进行协商，或者向劳动监察部门投诉，甚至通过法律途径来维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果您对公司的病假工资支付政策有疑问，或者认为公司无故扣除了您的工资，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。