针对您提出的“超过3次未打卡按旷工合法吗以及怎么处罚”的问题，这确实是一个涉及劳动法、公司规章制度以及员工实际权益的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、关于合法性的分析
劳动法视角：
- 劳动法保护劳动者的取得劳动报酬的权利，这意味着，仅凭未打卡记录并不能直接剥夺劳动者的报酬权。考勤打卡虽然是记录员工出入时间的一种手段，但它并非判断员工是否出勤或工作状况的唯一标准。
公司规章制度：
- 公司有权制定自己的考勤管理制度，包括补卡次数和旷工处理的规定。然而，这些规定必须合法、合理，并且需要事先通过民主程序（如职工代表大会）讨论确定，同时向员工明确告知，例如通过发放员工手册或组织培训等方式。
- 如果公司的规章制度没有合法制定或未充分告知员工，那么因未打卡而按旷工处理的规定可能不具备法律效力。
二、关于处罚的合理性
执行公平性：
- 公司在执行规章制度时，应确保公平、一致。如果公司对类似情况的处理存在差异，比如对某些员工宽容而对其他员工严格，那么这种处理方式可能失去公信力，并引发员工的不满。
员工实际工作情况：
- 在面临旷工指控时，员工应提供实际出勤的证据，如同事证言、工作记录、电子邮件往来等，以证明自己的出勤情况。
- 如果员工因不可抗力或突发疾病等特殊原因导致未打卡，公司应给予理解和宽容，不宜直接按旷工处理。员工也应及时向公司说明情况并提供相关证据。
三、建议与解决途径
沟通协商：
- 如果您认为公司的处理方式不合理，首先应与人力资源部门或上级领导进行沟通，说明情况并提供证据，争取通过协商解决问题。
法律维权：
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，保留好所有相关证据，如考勤记录、工作记录、沟通记录等，将至关重要。
总结：
公司因员工超过3次未打卡而按旷工处理的合理性，需要综合考虑劳动法规定、公司规章制度的合法性及合理性、员工的实际工作情况以及特殊情况的考量。作为员工，您应了解自己的权利和义务，积极与公司沟通并提供证据；同时，公司也应秉持公平、合理的原则处理考勤问题，确保规章制度的合法性和执行力。如果双方无法达成一致，可以通过法律途径来解决争议。